[日本語] English
万見
- PDB-3h0n: Crystal structure of a duf1470 family protein (jann_2411) from ja... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h0n
タイトルCrystal structure of a duf1470 family protein (jann_2411) from jannaschia sp. ccs1 at 1.45 A resolution
要素uncharacterized protein DUF1470
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Treble clef zinc finger / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Jann2411-like fold / Jann2411-like domain / Putative stress-induced transcription regulator / Zinc finger, CGNR / ABATE domain superfamily / Putative stress-induced transcription regulator / CGNR zinc finger / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Zinc finger CGNR domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Jannaschia sp. CCS1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: The structure of Jann_2411 (DUF1470) from Jannaschia sp. at 1.45  resolution reveals a new fold (the ABATE domain) and suggests its possible role as a transcription regulator.
著者: Bakolitsa, C. / Bateman, A. / Jin, K.K. / McMullan, D. / Krishna, S.S. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Burra, P. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / ...著者: Bakolitsa, C. / Bateman, A. / Jin, K.K. / McMullan, D. / Krishna, S.S. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Burra, P. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elias, Y. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Grzechnik, A. / Grzechnik, S.K. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Kumar, A. / Marciano, D. / Morse, A.T. / Murphy, K.D. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Sefcovic, N. / Tien, H. / Trame, C.B. / Trout, C.V. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / White, A. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年4月21日ID: 2PW4
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein DUF1470
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,37610
ポリマ－20,8441
非ポリマー5319
水4,324240
1
A: uncharacterized protein DUF1470
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein DUF1470
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,75120
ポリマ－41,6882
非ポリマー1,06318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5220 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.750, 59.670, 57.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-447-

HOH

詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 uncharacterized protein DUF1470


分子量: 20844.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Jannaschia sp. CCS1 (バクテリア)
遺伝子: Jann_2411, YP_510353.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q28PN4

-
非ポリマー , 6種, 249分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.40M sodium acetate, 0.10M sodium cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97920,0.97879
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月29日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.97921
30.978791
反射解像度: 1.45→25.786 Å / Num. obs: 36254 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.251 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.50.2492.866836767197.1
1.5-1.560.1933.871877165199
1.56-1.630.144.771607076199.2
1.63-1.720.114676447430198.9
1.72-1.830.0858.175997268198.8
1.83-1.970.05711.275367040198.4
1.97-2.170.03516.877937091198
2.17-2.480.02621.877976951197.7
2.48-3.120.0229.180696937196.5
3.12-25.7860.01340.984256862193.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→25.786 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.706 / SU ML: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.053
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.ONE ZN ION, ONE NI ION, TWO NA IONS, THREE ACETATE IONS AND TWO GLYCEROL MOLECULES WERE MODELED. THE PRESENCE OF THE ZN AND NI ATOMS ARE SUPPORTED BY X-RAY FLUORESCENCE MEASUREMENTS, ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS ABOVE AND BELOW THE NI AND ZN ABSORPTION EDGES AND GEOMETRY. 5.RESIDUES 0 AND 185 TO 187 ARE DISORDERED AND NOT MODELED IN THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.157 1810 5 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.141 36254 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.42 Å2 / Biso mean: 14.58 Å2 / Biso min: 3.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→25.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1410 0 28 240 1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.9492125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93332489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5325203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.34623.20578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.00815242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3431516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3173981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3433392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17951572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5618576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.28811551
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 129 -
Rwork0.191 2516 -
all-2645 -
obs--98.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03420.0489-1.78231.0306-0.16922.55140.1309-0.13010.02950.0419-0.133-0.0257-0.230.1880.0022-0.0043-0.01470.0143-0.0157-0.0051-0.0404-5.40224.89120.03
20.07420.3361-0.38541.5469-1.65082.35470.0093-0.002-0.04120.1714-0.1234-0.156-0.15430.23490.11420.03980.0062-0.00790.06170.02120.03976.79317.50119.407
30.55450.0526-0.23550.0731-0.11880.4974-0.017-0.0058-0.0346-0.00680.00750.00680.00650.03720.0094-0.01350.00950.0029-0.0041-0.0047-0.0208-7.51620.05815.447
46.79837.7182-1.28819.0271-2.74616.4768-0.52660.74070.0487-0.51760.50930.101-0.28870.14840.01740.1407-0.0731-0.00960.13480.01380.0469.45742.7373.723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3A60 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4A173 - 184

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る