PDB-3h0l: Structure of trna-dependent amidotransferase gatcab from aquifex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h0l

タイトル

Structure of trna-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus

要素

(Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit ...) x 2
Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

キーワード

LIGASE / MULTI PROTEIN COMPLEX / Protein biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminyl-tRNAGln biosynthesis via transamidation / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolysing) / glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex / 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / regulation of translational fidelity / translation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wu, J. / Bu, W. / Sheppard, K. / Kitabatake, M. / Soll, D. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Insights into tRNA-Dependent Amidotransferase Evolution and Catalysis from the Structure of the Aquifex aeolicus Enzyme
著者: Wu, J. / Bu, W. / Sheppard, K. / Kitabatake, M. / Kwon, S.T. / Soll, D. / Smith, J.L.

履歴

登録	2009年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h0l.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h0l.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h0l_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h0l_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	3h0l_validation.xml.gz	260.2 KB	表示
CIF形式データ	3h0l_validation.cif.gz	350.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h0mC 3h0rC 2g5hS 2gi3S 2df4 2f2a 2g5i S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h0r-7 3h0r-4 3h0r-6 3h0m-1 3h0m-5 3h0r-1 3h0r-2 3h0m-2 3h0r-3 3h0m-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

B: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

C: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

D: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

E: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

F: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

G: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

H: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

I: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

J: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

K: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

L: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

M: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

N: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

O: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

P: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

Q: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

R: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

S: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

T: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

U: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

V: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

W: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

X: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

965 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

B: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

C: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

E: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

F: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

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121 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

H: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

I: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

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121 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

K: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

L: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

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121 kDa, 3 ポリマー
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5

M: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

N: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

O: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

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121 kDa, 3 ポリマー
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6

P: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

Q: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

R: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

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121 kDa, 3 ポリマー
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7

S: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

T: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

U: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 3 ポリマー
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8

V: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

W: Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

X: Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.482, 131.012, 154.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.02, 90.00, 89.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	THR	THR	A	A	1 - 478	1 - 478
2	1	MET	MET	THR	THR	D	D	1 - 478	1 - 478
3	1	MET	MET	THR	THR	G	G	1 - 478	1 - 478
4	1	MET	MET	THR	THR	J	J	1 - 478	1 - 478
5	1	MET	MET	THR	THR	M	M	1 - 478	1 - 478
6	1	MET	MET	THR	THR	P	P	1 - 478	1 - 478
7	1	MET	MET	THR	THR	S	S	1 - 478	1 - 478
8	1	MET	MET	THR	THR	V	V	1 - 478	1 - 478
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	3 - 293	3 - 293
2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	3 - 293	3 - 293
3	2	GLU	GLU	LYS	LYS	H	H	3 - 293	3 - 293
4	2	GLU	GLU	LYS	LYS	K	K	3 - 293	3 - 293
5	2	GLU	GLU	LYS	LYS	N	N	3 - 293	3 - 293
6	2	GLU	GLU	LYS	LYS	Q	Q	3 - 293	3 - 293
7	2	GLU	GLU	LYS	LYS	T	T	3 - 293	3 - 293
8	2	GLU	GLU	LYS	LYS	W	W	3 - 293	3 - 293
1	3	ASN	ASN	LEU	LEU	B	B	294 - 412	294 - 412
2	3	ASN	ASN	LEU	LEU	E	E	294 - 412	294 - 412
3	3	ASN	ASN	LEU	LEU	H	H	294 - 412	294 - 412
4	3	ASN	ASN	LEU	LEU	K	K	294 - 412	294 - 412
5	3	ASN	ASN	LEU	LEU	N	N	294 - 412	294 - 412
6	3	ASN	ASN	LEU	LEU	Q	Q	294 - 412	294 - 412
7	3	ASN	ASN	LEU	LEU	T	T	294 - 412	294 - 412
8	3	ASN	ASN	LEU	LEU	W	W	294 - 412	294 - 412
1	4	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	2 - 92	2 - 92
2	4	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	2 - 92	2 - 92
3	4	VAL	VAL	VAL	VAL	I	I	2 - 92	2 - 92
4	4	VAL	VAL	VAL	VAL	L	L	2 - 92	2 - 92
5	4	VAL	VAL	VAL	VAL	O	O	2 - 92	2 - 92
6	4	VAL	VAL	VAL	VAL	R	R	2 - 92	2 - 92
7	4	VAL	VAL	VAL	VAL	U	U	2 - 92	2 - 92
8	4	VAL	VAL	VAL	VAL	X	X	2 - 92	2 - 92

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit ... , 2種, 16分子 ADGJMPSVCFILORUX

#1: タンパク質	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A / Glu-ADT subunit A 分子量: 53589.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_247, gatA, GATCA / プラスミド: pET17b-CA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O66610, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの
#3: タンパク質	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C / Glu-ADT subunit C 分子量: 11228.740 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: gatC, aq_2149 / プラスミド: pET17b-CA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O67904, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの

#1: タンパク質

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A / Glu-ADT subunit A

分子量: 53589.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_247, gatA, GATCA / プラスミド: pET17b-CA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O66610, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの

#3: タンパク質

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C / Glu-ADT subunit C

分子量: 11228.740 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: gatC, aq_2149 / プラスミド: pET17b-CA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O67904, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの

-
タンパク質 , 1種, 8分子 BEHKNQTW

#2: タンパク質	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B / Asp/Glu-ADT subunit B 分子量: 55128.535 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_461, gatB / プラスミド: pET17b-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O66766, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの

#2: タンパク質

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B / Asp/Glu-ADT subunit B

分子量: 55128.535 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_461, gatB / プラスミド: pET17b-B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O66766, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの

-
非ポリマー , 4種, 32分子

#4: 化合物	ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 ratio of Protein solution (6-9mg/ml GatCAB,10mM HEPES, 50uM Zn acetate,10mM Asn, 0.6mM ATP) mix with well solution (10-12% PEG3350, 10mM Mg formate), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-D	1	1.0274,0.9804
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2	0.97934

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2006年3月24日	MONOCHROMATOR: MIRRORS
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2007年3月20日	MONOCHROMATOR: MIRRORS

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MIRRORS	MAD	M	x-ray	1
2	MIRRORS	SINGLE WAVELENGTH		x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0274	1
2	0.9804	1
3	0.97934	1

反射

解像度: 2.3→40.5 Å / Num. all: 405875 / Num. obs: 405875 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.347 / % possible all: 73.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 2GI3 and 2G5H

2gi3

2g5h

解像度: 2.3→40.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 11.215 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2726	20322	5 %	RANDOM
R_work	0.24004	-	-	-
obs	0.24169	385553	91.69 %	-
all	-	405875	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.63 Å²	-0.01 Å²	-0.26 Å²
2-	-	9.07 Å²	0.04 Å²
3-	-	-	-4.44 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.198 Å	0.359 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	62848	0	296	0	63144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	64481
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.989	87106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	7808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.072	24.496	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.656	15	11946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.933	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	9520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	48240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	30945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	43623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.098	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.672	1.5	40352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.11	2	63456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.454	3	27450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.305	4.5	23650
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1904	tight positional	0.04	0.05
1	2	D	1904	tight positional	0.03	0.05
1	3	G	1904	tight positional	0.03	0.05
1	4	J	1904	tight positional	0.03	0.05
1	5	M	1904	tight positional	0.03	0.05
1	6	P	1904	tight positional	0.04	0.05
1	7	S	1904	tight positional	0.04	0.05
1	8	V	1904	tight positional	0.04	0.05
2	1	B	1164	tight positional	0.04	0.05
2	2	E	1164	tight positional	0.03	0.05
2	3	H	1164	tight positional	0.04	0.05
2	4	K	1164	tight positional	0.04	0.05
2	5	N	1164	tight positional	0.03	0.05
2	6	Q	1164	tight positional	0.04	0.05
2	7	T	1164	tight positional	0.03	0.05
2	8	W	1164	tight positional	0.03	0.05
3	1	B	476	tight positional	0.02	0.05
3	2	E	476	tight positional	0.02	0.05
3	3	H	476	tight positional	0.03	0.05
3	4	K	476	tight positional	0.03	0.05
3	5	N	476	tight positional	0.02	0.05
3	6	Q	476	tight positional	0.02	0.05
3	7	T	476	tight positional	0.02	0.05
3	8	W	476	tight positional	0.02	0.05
4	1	C	364	tight positional	0.03	0.05
4	2	F	364	tight positional	0.03	0.05
4	3	I	364	tight positional	0.03	0.05
4	4	L	364	tight positional	0.03	0.05
4	5	O	364	tight positional	0.03	0.05
4	6	R	364	tight positional	0.03	0.05
4	7	U	364	tight positional	0.03	0.05
4	8	X	364	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	1864	medium positional	0.34	0.5
1	2	D	1864	medium positional	0.34	0.5
1	3	G	1864	medium positional	0.34	0.5
1	4	J	1864	medium positional	0.34	0.5
1	5	M	1864	medium positional	0.34	0.5
1	6	P	1864	medium positional	0.34	0.5
1	7	S	1864	medium positional	0.35	0.5
1	8	V	1864	medium positional	0.33	0.5
2	1	B	1187	medium positional	0.37	0.5
2	2	E	1187	medium positional	0.35	0.5
2	3	H	1187	medium positional	0.37	0.5
2	4	K	1187	medium positional	0.36	0.5
2	5	N	1187	medium positional	0.37	0.5
2	6	Q	1187	medium positional	0.38	0.5
2	7	T	1187	medium positional	0.37	0.5
2	8	W	1187	medium positional	0.35	0.5
3	1	B	481	medium positional	0.35	0.5
3	2	E	481	medium positional	0.36	0.5
3	3	H	481	medium positional	0.35	0.5
3	4	K	481	medium positional	0.37	0.5
3	5	N	481	medium positional	0.32	0.5
3	6	Q	481	medium positional	0.36	0.5
3	7	T	481	medium positional	0.33	0.5
3	8	W	481	medium positional	0.38	0.5
4	1	C	400	medium positional	0.41	0.5
4	2	F	400	medium positional	0.37	0.5
4	3	I	400	medium positional	0.36	0.5
4	4	L	400	medium positional	0.36	0.5
4	5	O	400	medium positional	0.35	0.5
4	6	R	400	medium positional	0.56	0.5
4	7	U	400	medium positional	0.39	0.5
4	8	X	400	medium positional	0.34	0.5
1	1	A	1904	tight thermal	0.09	0.5
1	2	D	1904	tight thermal	0.09	0.5
1	3	G	1904	tight thermal	0.09	0.5
1	4	J	1904	tight thermal	0.1	0.5
1	5	M	1904	tight thermal	0.09	0.5
1	6	P	1904	tight thermal	0.1	0.5
1	7	S	1904	tight thermal	0.1	0.5
1	8	V	1904	tight thermal	0.09	0.5
2	1	B	1164	tight thermal	0.07	0.5
2	2	E	1164	tight thermal	0.09	0.5
2	3	H	1164	tight thermal	0.07	0.5
2	4	K	1164	tight thermal	0.09	0.5
2	5	N	1164	tight thermal	0.07	0.5
2	6	Q	1164	tight thermal	0.09	0.5
2	7	T	1164	tight thermal	0.09	0.5
2	8	W	1164	tight thermal	0.07	0.5
3	1	B	476	tight thermal	0.04	0.5
3	2	E	476	tight thermal	0.05	0.5
3	3	H	476	tight thermal	0.04	0.5
3	4	K	476	tight thermal	0.04	0.5
3	5	N	476	tight thermal	0.04	0.5
3	6	Q	476	tight thermal	0.04	0.5
3	7	T	476	tight thermal	0.05	0.5
3	8	W	476	tight thermal	0.04	0.5
4	1	C	364	tight thermal	0.07	0.5
4	2	F	364	tight thermal	0.07	0.5
4	3	I	364	tight thermal	0.06	0.5
4	4	L	364	tight thermal	0.07	0.5
4	5	O	364	tight thermal	0.07	0.5
4	6	R	364	tight thermal	0.08	0.5
4	7	U	364	tight thermal	0.07	0.5
4	8	X	364	tight thermal	0.07	0.5
1	1	A	1864	medium thermal	0.64	2
1	2	D	1864	medium thermal	0.66	2
1	3	G	1864	medium thermal	0.61	2
1	4	J	1864	medium thermal	0.68	2
1	5	M	1864	medium thermal	0.62	2
1	6	P	1864	medium thermal	0.69	2
1	7	S	1864	medium thermal	0.62	2
1	8	V	1864	medium thermal	0.67	2
2	1	B	1187	medium thermal	0.57	2
2	2	E	1187	medium thermal	0.61	2
2	3	H	1187	medium thermal	0.55	2
2	4	K	1187	medium thermal	0.65	2
2	5	N	1187	medium thermal	0.56	2
2	6	Q	1187	medium thermal	0.68	2
2	7	T	1187	medium thermal	0.62	2
2	8	W	1187	medium thermal	0.59	2
3	1	B	481	medium thermal	0.35	2
3	2	E	481	medium thermal	0.37	2
3	3	H	481	medium thermal	0.32	2
3	4	K	481	medium thermal	0.35	2
3	5	N	481	medium thermal	0.28	2
3	6	Q	481	medium thermal	0.32	2
3	7	T	481	medium thermal	0.37	2
3	8	W	481	medium thermal	0.32	2
4	1	C	400	medium thermal	0.51	2
4	2	F	400	medium thermal	0.49	2
4	3	I	400	medium thermal	0.46	2
4	4	L	400	medium thermal	0.57	2
4	5	O	400	medium thermal	0.48	2
4	6	R	400	medium thermal	0.61	2
4	7	U	400	medium thermal	0.5	2
4	8	X	400	medium thermal	0.54	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.363 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	1185	-
R_work	0.337	22441	-
obs	-	-	72.25 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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