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Yorodumi- PDB-3h0k: Crystal structure of an adenylated kinase related protein from su... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3h0k | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of an adenylated kinase related protein from sulfolobus solfataricus to 3.25a | ||||||
Components | UPF0200 protein SSO1041 | ||||||
Keywords | structural genomics / unknown function / ADENYLATE / KINASE / SULFOLOBUS / SOLFATARICUS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / ATP-binding / Nucleotide-binding | ||||||
| Function / homology | Nucleoside triphosphate hydrolase-related / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / ATP binding / Alpha Beta / UPF0200 protein SSO1041 Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() Sulfolobus solfataricus (archaea) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.25 Å | ||||||
Authors | Stein, A.J. / Sather, A. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal structure of an adenylated kinase related protein from sulfolobus solfataricus to 3.25a Authors: Stein, A.J. / Sather, A. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3h0k.cif.gz | 79.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3h0k.ent.gz | 61.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3h0k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3h0k_validation.pdf.gz | 447.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3h0k_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | Display | |
| Data in XML | 3h0k_validation.xml.gz | 14.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 3h0k_validation.cif.gz | 18.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h0k | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20442.738 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Sulfolobus solfataricus (archaea) / Strain: P2 / Gene: SSO1041 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.4 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.26M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CACODYLATE PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 / Wavelength: 0.9794 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 22, 2009 |
| Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. obs: 8509 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 5.8 |
| Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Redundancy: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.923 / % possible all: 98.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.25→47.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 59.755 / SU ML: 0.445 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.576 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 26.9 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.25→47.3 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.25→3.33 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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