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万見
- PDB-3h0a: Crystal Structure of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h0a
タイトルCrystal Structure of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma (PPARg) and Retinoic Acid Receptor Alpha (RXRa) in Complex with 9-cis Retinoic Acid, Co-activator Peptide, and a Partial Agonist
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1, Co-activator Peptide
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR / nuclear receptor fold / transcription regulation / hormone / growth factor receptor / complex / DNA-binding / Host-virus interaction / Isopeptide bond / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Zinc-finger / Activator / Diabetes mellitus / Disease mutation / Obesity / Phosphoprotein / Acyltransferase / Proto-oncogene / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / prostaglandin receptor activity / TGFBR3 expression / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / MECP2 regulates transcription factors / nuclear vitamin D receptor binding / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / : / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / male mating behavior / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / negative regulation of cholesterol storage / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / hypothalamus development / lipid homeostasis / E-box binding / histone H3K18 acetyltransferase activity / alpha-actinin binding / histone H3K27 acetyltransferase activity / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / monocyte differentiation / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of mitochondrial fission / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / estrous cycle / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / Recycling of bile acids and salts / negative regulation of MAPK cascade / histone acetyltransferase / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9RA / Chem-D30 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, Z. / Sudom, A. / Walker, N.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Identification of a PPARdelta agonist with partial agonistic activity on PPARgamma.
著者: Connors, R.V. / Wang, Z. / Harrison, M. / Zhang, A. / Wanska, M. / Hiscock, S. / Fox, B. / Dore, M. / Labelle, M. / Sudom, A. / Johnstone, S. / Liu, J. / Walker, N.P. / Chai, A. / Siegler, K. ...著者: Connors, R.V. / Wang, Z. / Harrison, M. / Zhang, A. / Wanska, M. / Hiscock, S. / Fox, B. / Dore, M. / Labelle, M. / Sudom, A. / Johnstone, S. / Liu, J. / Walker, N.P. / Chai, A. / Siegler, K. / Li, Y. / Coward, P.
履歴
登録2009年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Nuclear receptor coactivator 1, Co-activator Peptide
E: Nuclear receptor coactivator 1, Co-activator Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3006
ポリマ－59,3814
非ポリマー9192
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.258, 53.825, 67.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1


分子量: 25599.713 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 228-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31094.135 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 234-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 BE

#3: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1, Co-activator Peptide / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52


分子量: 1343.568 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 629-640 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase

-
非ポリマー , 3種, 107分子

#4: 化合物 ChemComp-9RA / 4-[1-(3,5,5,8,8-pentamethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)ethenyl]benzoic acid / ベキサロテン


分子量: 348.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-D30 / [(4-{[2-(pent-2-yn-1-yloxy)-4-{[4-(trifluoromethyl)phenoxy]methyl}phenyl]sulfanyl}-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-1-yl)oxy]acetic acid


分子量: 570.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H29F3O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 2000 monomethyl ether, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Hepes 7.5, vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月3日 / 詳細: 3X3 CCD ARRAY
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→85.436 Å / Num. all: 35129 / Num. obs: 35062 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 7.804
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.1-2.213.50.3552.10.355195.9
2.21-2.353.60.2932.60.293196.4
2.35-2.513.70.2453.10.245197.5
2.51-2.713.70.1983.90.198197.3
2.71-2.973.70.1435.40.143198.3
2.97-3.323.70.0938.10.093198.8
3.32-3.833.70.05512.70.055198.9
3.83-4.73.70.04315.20.043199.5
4.7-6.643.60.04114.90.041199.8
6.64-28.833.40.03116.40.031198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→28.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.951 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34165 1758 5 %RANDOM
Rwork0.24634 ---
obs0.25096 33304 97.74 %-
all-31529 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.657 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.75 Å20 Å20.09 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3---1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3965 0 66 105 4136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9292.0055557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1065492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87624.659176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.14315773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9251521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0141.52484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7424018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57731631
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8444.51539
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 127 -
Rwork0.266 2367 -
obs--95.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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