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万見
- PDB-3h06: Crystal structure of the binding domain of the AMPA subunit GluR2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h06
タイトルCrystal structure of the binding domain of the AMPA subunit GluR2 bound to the willardiine antagonist, UBP282
要素Glutamate receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glutamate receptor / glur2 / AMPA receptor / neurotransmitter receptor / S1S2 / willardiine
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / extracellularly glutamate-gated ion channel activity ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / somatodendritic compartment / dendrite membrane / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VBP / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ahmed, A.H. / Oswald, R.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Mechanisms of antagonism of the GluR2 AMPA receptor: structure and dynamics of the complex of two willardiine antagonists with the glutamate binding domain.
著者: Ahmed, A.H. / Thompson, M.D. / Fenwick, M.K. / Romero, B. / Loh, A.P. / Jane, D.E. / Sondermann, H. / Oswald, R.E.
履歴
登録2009年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
E: Glutamate receptor 2
H: Glutamate receptor 2
J: Glutamate receptor 2
L: Glutamate receptor 2
N: Glutamate receptor 2
P: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,34916
ポリマ－230,6838
非ポリマー2,6668
水5,260292
1
G: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
H: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
J: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
L: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
N: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
P: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1692
ポリマ－28,8351
非ポリマー3331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子

N: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3374
ポリマ－57,6712
非ポリマー6672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
10
E: Glutamate receptor 2
P: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3374
ポリマ－57,6712
非ポリマー6672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
G: Glutamate receptor 2
J: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3374
ポリマ－57,6712
非ポリマー6672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
H: Glutamate receptor 2
L: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3374
ポリマ－57,6712
非ポリマー6672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.013, 90.916, 92.510
Angle α, β, γ (deg.)85.61, 85.52, 72.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor 2 / GluR-2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / AMPA-selective glutamate receptor 2


分子量: 28835.320 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 414-527, 652-794 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2; GluR2 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19491
#2: 化合物
ChemComp-VBP / 4-({3-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-2,6-dioxo-3,6-dihydropyrimidin-1(2H)-yl}methyl)benzoic acid / (S)-1-(2-amino-2-carboxyethyl)-3-(4-carboxybenzyl)pyrimidine-2,4-dione


分子量: 333.296 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15N3O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-17% PEG8K, 0.2 M Na acetate, 0.2 M Na cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射モノクロメーター: Rh coated Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 64109 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 1.84
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→39.71 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2948 6536 -RANDOM
Rwork0.2295 ---
obs-64109 93.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 1.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.662 Å25.107 Å2-5.199 Å2
2--1.232 Å2-4.089 Å2
3----7.894 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.38 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16080 0 192 292 16564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 969 -
Rwork0.324 --
obs-8860 84.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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