PDB-3h05: The Crystal Structure of a Putative Nicotinate-nucleotide Adenyly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h05

タイトル

The Crystal Structure of a Putative Nicotinate-nucleotide Adenylyltransferase from Vibrio parahaemolyticus

要素

uncharacterized protein VPA0413

キーワード

structural genomics / unknown function / Nucleotidylyl / transferase / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Cuff, M.E. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Putative Nicotinate-nucleotide Adenylyltransferase from Vibrio parahaemolyticus
著者: Stein, A.J. / Cuff, M.E. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h05.cif.gz	83.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h05.ent.gz	63.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lyn-d 5ikf-d 5fd4-1 6qer-3 6oru-d 5fd4-2 1bc1-d 2y7o-d 5y5n-d 6a9e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61261

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein VPA0413

B: uncharacterized protein VPA0413

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.206, 70.722, 130.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	uncharacterized protein VPA0413 分子量: 20006.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q87J40
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Lithium chloride, vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 215R / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 50935 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.731 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0054	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-3000		位相決定

精密化

解像度: 1.65→35.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 3.625 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	2340	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.195	46404	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2494	0	2	305	2801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.217	1.984	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.063	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.723	24.66	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.395	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.068	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.623	1.5	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.101	2	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.937	3	980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.999	4.5	883
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	164	-
R_work	0.248	3206	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3707	0.456	1.1644	3.0123	1.1146	2.7415	0.1254	-0.0216	-0.0697	0.2737	-0.0838	-0.1792	0.0701	0.0572	-0.0415	0.1103	-0.0011	-0.0071	0.0909	0.0464	0.0764	0.734	39.799	34.18
2	3.2567	-0.3931	2.0679	3.4226	-0.0055	3.1299	0.0054	0.0856	0.0305	0.3305	-0.0074	-0.2922	0.0675	0.2179	0.002	0.1339	0.0031	-0.0127	0.1114	0.026	0.0527	2.39	37.109	35.025
3	4.1418	-1.1012	-0.0371	4.0587	0.2995	3.9635	-0.0187	-0.316	-0.2139	0.7165	-0.0177	-0.2027	0.2332	0.0424	0.0364	0.2645	-0.0212	-0.0557	0.108	0.0308	0.0651	3.141	37.73	44.243
4	3.7668	-2.0813	-2.5958	3.9989	2.185	4.4082	-0.1839	-0.1693	-0.2512	0.4285	0.1394	-0.2684	0.4222	0.6242	0.0445	0.2228	0.0358	-0.0612	0.2566	0.0223	0.2195	7.222	29.914	34.873
5	7.091	4.7555	-1.5799	6.0549	-2.6482	2.6953	-0.0246	-0.0369	-0.2173	-0.0865	-0.1187	-0.3415	0.1734	0.4474	0.1432	0.1263	0.0325	-0.0141	0.12	0.0138	0.085	5.217	27.549	24.72
6	1.7519	-0.218	-0.6607	3.8342	-1.6438	3.2313	0.114	0.0646	0.1593	0.1473	-0.1523	-0.473	-0.3264	0.3685	0.0383	0.0883	0.0054	-0.0195	0.1443	0.0269	0.1356	4.915	42.171	21.562
7	12.8257	2.9394	1.3637	3.9315	-0.3399	2.5487	0.0522	0.7119	-0.2443	-0.2547	-0.0521	-0.0744	0.2771	0.1427	-0.0001	0.1189	0.0493	0.0127	0.1411	0.004	0.0964	6.802	33.582	14.556
8	0.4864	0.2077	0.3382	4.8238	5.145	6.7294	0.0431	-0.0222	0.0326	-0.1246	-0.0356	-0.1586	-0.1809	0.0063	-0.0075	0.1414	0.0032	-0.0113	0.1134	0.018	0.1147	-0.406	45.816	27.424
9	9.8409	-3.6126	1.2911	6.9144	-1.889	2.2894	0.1425	-0.3331	0.4038	0.5273	-0.3199	-1.0905	-0.2816	0.8942	0.1774	0.2827	-0.1139	-0.1023	0.4341	-0.0008	0.3701	12.303	53.025	43.806
10	1.4158	0.7168	0.8795	8.0516	-2.9642	4.235	0.0851	-0.2811	-0.0457	1.0916	-0.1965	-0.5495	-0.28	0.258	0.1114	0.499	-0.065	-0.1494	0.2582	0.012	0.1997	5.919	47.036	49.657
11	0.9612	0.3537	2.4625	1.5034	0.434	6.4754	-0.0394	0.0564	-0.001	-0.0955	0.0319	0.0071	-0.058	0.1587	0.0076	0.0684	0.0368	0.0095	0.1311	0.0315	0.1106	-13.415	42.687	11.962
12	1.8057	-0.8435	2.2698	2.4265	-1.4798	6.5332	-0.0108	0.1034	0.009	-0.148	-0.0022	0.0174	-0.18	0.0497	0.013	0.049	-0.0013	0.0002	0.113	0.0223	0.1133	-15.694	43.585	10.445
13	1.9123	-0.2206	0.6821	2.6508	-0.2157	4.5419	-0.0044	-0.1378	-0.0325	-0.0926	0.0517	0.1986	0.0781	-0.3871	-0.0473	0.0518	0.0081	-0.0155	0.1653	0.0426	0.131	-21.924	40.884	10.696
14	15.8399	-2.9002	4.0989	4.1071	-2.7821	4.2299	-0.084	0.5873	0.3359	-0.2761	-0.0392	0.3753	-0.1767	-0.2816	0.1232	0.2806	0.0633	-0.0482	0.194	0.0223	0.228	-14.253	58.027	11.462
15	5.2148	1.2118	-0.7194	7.6109	-5.9084	6.456	-0.1692	-0.1016	0.3284	0.6755	0.4146	0.8263	-0.6505	-0.7519	-0.2454	0.2353	0.1426	0.0857	0.1831	0.0119	0.289	-16.906	54.919	22.352
16	7.255	1.2635	-2.4476	2.6502	-2.1675	3.1376	-0.034	0.4005	-0.0056	-0.1304	-0.1309	-0.1811	-0.0263	0.0393	0.1649	0.1337	0.0215	0.0066	0.1258	0.0352	0.1055	-3.601	46.355	15.917
17	2.1386	-0.2656	0.2675	5.2529	-0.7161	4.6728	0.0461	0.0571	0.2726	0.3422	-0.1479	-0.1942	-0.6001	-0.0004	0.1019	0.1066	0.0251	-0.0104	0.0947	0.0349	0.0975	-3.184	51.94	19.541
18	9.1752	2.038	0.3602	4.9663	6.066	8.0793	0.0773	1.1288	-0.275	0.6769	0.4213	-0.3123	0.9983	0.7705	-0.4986	0.6178	0.3812	0.0011	0.8236	-0.0346	0.2697	-10.01	35.848	-4.544
19	3.7407	-0.4586	1.6875	6.1225	-4.6391	10.795	0.1298	0.0534	-0.3519	-0.3849	0.0845	0.184	0.6486	-0.0052	-0.2143	0.233	0.0047	-0.0245	0.0988	-0.0215	0.1349	-20.036	34.906	-2.377
20	9.1827	-2.1703	3.0352	6.7917	-5.598	4.8056	-0.0917	0.2834	0.119	-0.1313	-0.0027	-0.1526	0.1305	0.0184	0.0944	0.239	-0.0202	-0.0375	0.1672	0.0329	0.087	-19.451	45.42	-9.502

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	66 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	82 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	99 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	117 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	126 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	137 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	152 - 166
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	2 - 18
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	19 - 51
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	52 - 72
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	73 - 86
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	87 - 98
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	99 - 114
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	115 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	133 - 153
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	154 - 168
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	169 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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