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- PDB-3gzx: Crystal Structure of the Biphenyl Dioxygenase in complex with Bip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gzx
タイトルCrystal Structure of the Biphenyl Dioxygenase in complex with Biphenyl from Comamonas testosteroni Sp. Strain B-356
要素(Biphenyl dioxygenase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / RIESKIE / NON-HEME IRON / Aromatic hydrocarbons catabolism / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


biphenyl 2,3-dioxygenase / biphenyl 2,3-dioxygenase activity / : / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIPHENYL / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Biphenyl dioxygenase subunit alpha / Biphenyl dioxygenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Kumar, P. / Colbert, C.L. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of Pandoraea pnomenusa B-356 Biphenyl Dioxygenase Reveals Features of Potent Polychlorinated Biphenyl-Degrading Enzymes
著者: Colbert, C.L. / Agar, N.Y. / Kumar, P. / Chakko, M.N. / Sinha, S.C. / Powlowski, J.B. / Eltis, L.D. / Bolin, J.T.
履歴
登録2009年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月6日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biphenyl dioxygenase subunit alpha
B: Biphenyl dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1008
ポリマ－73,3352
非ポリマー7656
水11,530640
1
A: Biphenyl dioxygenase subunit alpha
B: Biphenyl dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子

A: Biphenyl dioxygenase subunit alpha
B: Biphenyl dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子

A: Biphenyl dioxygenase subunit alpha
B: Biphenyl dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,30124
ポリマ－220,0056
非ポリマー2,29618
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area36050 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area57070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.355, 136.355, 107.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-522-

HOH

21B-540-

HOH

31B-589-

HOH

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要素

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Biphenyl dioxygenase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Biphenyl dioxygenase subunit alpha / Biphenyl 2 / 3-dioxygenase


分子量: 51751.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
遺伝子: bphA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46372, biphenyl 2,3-dioxygenase
#2: タンパク質 Biphenyl dioxygenase subunit beta / Biphenyl 2 / 3-dioxygenase


分子量: 21583.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
遺伝子: bphE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46373, biphenyl 2,3-dioxygenase

-
非ポリマー , 6種, 646分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-BNL / BIPHENYL / ビフェニル


分子量: 154.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-15% PEG 4000, 100mM MES, 10-15% 2-PROPANOL, SODIUM CHLORIDE, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 94792 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 67.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GZY

3gzy


解像度: 1.58→24.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.381 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 4823 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 91502 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å2-0.42 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→24.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5023 0 41 640 5704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0225286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8711.9457194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8165651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85323.678261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20515863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.5111539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1460.22603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.23589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0560.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1190.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0710.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1221.53271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.21525110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2332352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3624.52068
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.581→1.622 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 217 -
Rwork0.371 4249 -
obs--59.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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