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- PDB-3gzs: Crystal structure of a susd superfamily protein (bf3413) from bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gzs
タイトルCrystal structure of a susd superfamily protein (bf3413) from bacteroides fragilis nctc 9343 at 2.10 A resolution
要素Uncharacterized SusD superfamily protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性SusD-like / Susd and RagB outer membrane lipoprotein / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha / ACETATE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of SusD superfamily protein (YP_213019.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized SusD superfamily protein
B: Uncharacterized SusD superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,91415
ポリマ－116,9482
非ポリマー96613
水9,062503
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.921, 50.377, 117.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A49 - 69
2114B49 - 69
1214A75 - 542
2214B75 - 542

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized SusD superfamily protein


分子量: 58474.016 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-542 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF3413, YP_213019.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5L9X2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 29-542 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.43
詳細: NANODROP, 25.0% PEG 3000, 0.1M Sodium acetate pH 4.43, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.91837, 0.97946, 0.97907
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日
詳細: Flat mirror, vertical and horizontal focusing mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979461
30.979071
反射解像度: 2.09→29.63 Å / Num. obs: 57418 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.054 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.09-2.160.4032154968398177.9
2.16-2.250.3082.62152211392194.3
2.25-2.350.2483.32021610541193.6
2.35-2.480.1834.42248511577195.2
2.48-2.630.1455.62088310657195.3
2.63-2.830.0958.42146110874195.7
2.83-3.120.06611.62226711255195.1
3.12-3.570.03818.52163410922194.9
3.57-4.490.021302150110867194.4
4.49-29.630.01735.22184711056194.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.09→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.666 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.166
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ACETATE (ACT) AND GLYCEROL MOLECULES (GOL) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYO SOLUTION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. ELECTRON DENSITY MAPS SUPPORT THE MODELING OF CYS 364 ON THE A AND B SUBUNITS IN A MODIFIED FORM, CYSTEINESULFONIC ACID (OCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 2934 5.1 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.158 57418 97.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.8 Å2 / Biso mean: 51.818 Å2 / Biso min: 31.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20.3 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7734 0 64 503 8301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1571.94310845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.983312944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3575998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.55724.271391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.288151260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9811548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.31657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.35521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.53977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.53500
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.5757
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.59835182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.40132029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.28357861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05283452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.217112979
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6409 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.180.5
MEDIUM THERMAL0.582
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 208 -
Rwork0.215 3543 -
all-3751 -
obs--87.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9533-0.315-0.15841.1616-0.16881.7708-0.0533-0.10470.04510.08770.092-0.19240.06510.4215-0.0387-0.09750.027-0.0336-0.0953-0.0599-0.131163.0736.9315.511
21.1144-0.118-0.18530.95360.03451.8115-0.0003-0.1862-0.01760.11180.0587-0.08610.11950.4-0.0584-0.1570.0304-0.0085-0.1216-0.0297-0.151444.5712.97662.272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 542
2X-RAY DIFFRACTION2B48 - 542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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