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万見
- PDB-3gz9: Crystal Structure of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gz9
タイトルCrystal Structure of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Delta (PPARd) in Complex with a Full Agonist
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR / PPAR delta / nuclear receptor fold / transcription regulation / hormone / growth factor receptor / complex / Activator / Alternative splicing / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration ...positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration / proteoglycan metabolic process / fatty acid catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of fatty acid oxidation / phospholipid biosynthetic process / Carnitine shuttle / negative regulation of myoblast differentiation / response to vitamin A / Signaling by Retinoic Acid / positive regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cholesterol storage / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / energy homeostasis / decidualization / nuclear steroid receptor activity / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / NF-kappaB binding / adipose tissue development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to glucose / fatty acid transport / cellular response to nutrient levels / cholesterol metabolic process / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / embryo implantation / negative regulation of miRNA transcription / response to activity / generation of precursor metabolites and energy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / fatty acid metabolic process / wound healing / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / vasodilation / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / glucose metabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / lipid binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
heptyl beta-D-glucopyranoside / Chem-D32 / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, Z. / Sudom, A. / Walker, N.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Identification of a PPARdelta agonist with partial agonistic activity on PPARgamma.
著者: Connors, R.V. / Wang, Z. / Harrison, M. / Zhang, A. / Wanska, M. / Hiscock, S. / Fox, B. / Dore, M. / Labelle, M. / Sudom, A. / Johnstone, S. / Liu, J. / Walker, N.P. / Chai, A. / Siegler, K. ...著者: Connors, R.V. / Wang, Z. / Harrison, M. / Zhang, A. / Wanska, M. / Hiscock, S. / Fox, B. / Dore, M. / Labelle, M. / Sudom, A. / Johnstone, S. / Liu, J. / Walker, N.P. / Chai, A. / Siegler, K. / Li, Y. / Coward, P.
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4883
ポリマ－30,6931
非ポリマー7952
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.577, 92.129, 39.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / PPAR-delta / PPAR-beta / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Nuclear hormone receptor 1 ...PPAR-delta / PPAR-beta / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / NUCI


分子量: 30692.668 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain (residues 207-475) / 変異: G307S, L333I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 糖 ChemComp-B7G / heptyl beta-D-glucopyranoside / HEPTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / heptyl beta-D-glucoside / heptyl D-glucoside / heptyl glucoside / ヘプチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O6
識別子タイププログラム
heptyl-b-D-GlucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-D32 / (2,3-dimethyl-4-{[2-(prop-2-yn-1-yloxy)-4-{[4-(trifluoromethyl)phenoxy]methyl}phenyl]sulfanyl}phenoxy)acetic acid


分子量: 516.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H23F3O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 8000, 0.2 M KCl, 1 mM EDTA, 25% propanediol, 0.5% heptanetriol, 1 mM DTT, 0.1 M Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月14日 / 詳細: 3X3 CCD ARRAY
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→94.577 Å / Num. all: 24154 / Num. obs: 24127 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 23.917 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.225
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.115.30.3721826034340.3799.5
2.11-2.245.60.3042.51834532810.30499.8
2.24-2.395.60.2363.21729430880.23699.9
2.39-2.585.60.18841620228920.188100
2.58-2.835.70.1395.41531126710.139100
2.83-3.165.80.0997.31411524220.099100
3.16-3.655.80.0689.81270321760.068100
3.65-4.475.70.05511.21053918510.055100
4.47-6.325.40.05111.5793214590.051100
6.32-30.334.80.059.841348530.0598.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→94.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 4.73 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / SU Rfree: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1233 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.192 24127 99.74 %-
all-24154 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.28 Å2 / Biso mean: 31.825 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å20 Å2
2--2.71 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→94.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 55 172 2342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2021.9952991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4745259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36524.02197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79115399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1541512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3961.51308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35422117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6393908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4184.5874
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 85 -
Rwork0.267 1659 -
all-1744 -
obs--99.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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