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万見
- PDB-3gz4: Crystal structure of putative short chain dehydrogenase FROM ESCH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gz4
タイトルCrystal structure of putative short chain dehydrogenase FROM ESCHERICHIA COLI CFT073 complexed with NADPH
要素Hypothetical oxidoreductase yciK
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / dehydrogenase / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Hypothetical oxidoreductase yciK / Hypothetical oxidoreductase yciK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative short chain dehydrogenase FROM ESCHERICHIA COLI CFT073 complexed with NADPH
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32013年12月4日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.62021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical oxidoreductase yciK
B: Hypothetical oxidoreductase yciK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8474
ポリマ－58,3562
非ポリマー1,4912
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.794, 130.511, 47.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A-99999 - 99999
2111B-99999 - 99999

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical oxidoreductase yciK


分子量: 29178.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6 (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: AAN80202.1, c1736, yciK / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL
参照: UniProt: Q8FHV3, UniProt: A0A0H2V6Y9*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M magnesium acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.946
11-H, -K, H+L20.054
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21681 / % possible obs: 65.7 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 5.019
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.031.20.8772241.599114.1
2.03-2.071.10.5923471.472120.7
2.07-2.111.20.6844821.43129.3
2.11-2.151.20.626621.261140
2.15-2.21.20.5156890.973142.3
2.2-2.251.20.4898611.517152.3
2.25-2.311.30.6038741.164153.1
2.31-2.371.30.4310030.923161
2.37-2.441.40.41210510.956163.2
2.44-2.521.40.35811101.24168.1
2.52-2.611.50.40812051.181172.8
2.61-2.711.60.37113140.989179.2
2.71-2.841.80.35314121.143186.1
2.84-2.9920.32515310.989192
2.99-3.172.20.28215301.081193.4
3.17-3.422.30.19515421.153192.1
3.42-3.762.40.14415031.209191.4
3.76-4.312.40.10615081.142190.7
4.31-5.432.40.09214711.049188
5.43-502.50.0813621.139180.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 42.88 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.15 Å
Translation2.5 Å36.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.803 / SU B: 14.77 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / SU Rfree: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1026 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.227 20664 72.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.26 Å2 / Biso mean: 35.794 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.59 Å20 Å210 Å2
2---4.04 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3729 0 96 116 3941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.9935337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8385484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60124.246179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66215654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7871533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8993.52404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.974503859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.461501516
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8454.51477
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1888 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.315
TIGHT THERMAL3.0310
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 43 -
Rwork0.454 760 -
all-803 -
obs--38.49 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.07110.815414.8002
24.4822-27.9873-1.6833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 243
2X-RAY DIFFRACTION1A500
3X-RAY DIFFRACTION1A259 - 374
4X-RAY DIFFRACTION2B3 - 242
5X-RAY DIFFRACTION2B500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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