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- PDB-3gy0: Crystal structure of putatitve short chain dehydrogenase FROM SHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gy0
タイトルCrystal structure of putatitve short chain dehydrogenase FROM SHIGELLA FLEXNERI 2A STR. 301 complexed with NADP
要素dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGXRC / short chain dehydrogenase / NADP / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putatitve short chain dehydrogenase FROM SHIGELLA FLEXNERI 2A STR. 301 complexed with NADP
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1072
ポリマ－28,3631
非ポリマー7431
水5,008278
1
A: dehydrogenase
ヘテロ分子

A: dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2134
ポリマ－56,7272
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.819, 88.819, 80.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-277-

HOH

21A-450-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 dehydrogenase


分子量: 28363.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 301 / 遺伝子: yciK, S1358, SF1273 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q83RM3, UniProt: A0A0H2UYY2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% PEG4000, 0.1 M Na-acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.1 % / Av σ(I) over netI: 28.62 / 数: 495769 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.48 / D res high: 1.55 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 96819 / % possible obs: 94
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.215098.810.0352.4135.7
3.344.2110010.0392.3755.5
2.923.3410010.0552.4495.6
2.652.9210010.0642.0485.7
2.462.6510010.0711.6545.7
2.322.4610010.0861.5495.7
2.22.3210010.1051.4545.7
2.12.210010.1281.3825.7
2.022.110010.1671.3085.7
1.952.0210010.2241.2025.7
1.891.9510010.2831.1495.7
1.841.8910010.3761.0975.7
1.791.8410010.4671.0385.6
1.751.7910010.5551.0245.5
1.711.7510010.6771.0195.1
1.671.7199.610.7420.954.4
1.641.6795.410.8290.9733.6
1.611.648510.9210.922.9
1.581.6162.410.9820.8332.1
1.551.5839.210.8831.7
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 96819 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.482 / Net I/σ(I): 28.615
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.55-1.581.720240.883139.2
1.58-1.612.131870.833162.40.982
1.61-1.642.944260.921850.921
1.64-1.673.648670.973195.40.829
1.67-1.714.451440.95199.60.742
1.71-1.755.151261.01911000.677
1.75-1.795.552021.02411000.555
1.79-1.845.651421.03811000.467
1.84-1.895.751041.09711000.376
1.89-1.955.751461.14911000.283
1.95-2.025.751681.20211000.224
2.02-2.15.751481.30811000.167
2.1-2.25.751021.38211000.128
2.2-2.325.751911.45411000.105
2.32-2.465.751221.54911000.086
2.46-2.655.751581.65411000.071
2.65-2.925.751522.04811000.064
2.92-3.345.651682.44911000.055
3.34-4.215.551352.37511000.039
4.21-505.751072.413198.80.035

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 38.66 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å38.89 Å
Translation3.5 Å38.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.181 / WRfactor Rwork: 0.16 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.899 / SU B: 2.628 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.064 / SU Rfree: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 2595 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.171 51188 95.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 346.21 Å2 / Biso mean: 22.642 Å2 / Biso min: 9.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 48 278 2180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.992668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4975242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.34724.11190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50815330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0411517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9443.51196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.14501923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.48250763
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4624.5744
LS精密化 シェル解像度: 1.551→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.518 109 -
Rwork0.504 2054 -
all-2163 -
obs--55.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.9484 Å / Origin y: 23.4925 Å / Origin z: -10.6165 Å
111213212223313233
T0.0126 Å20.0025 Å2-0.0013 Å2-0.0055 Å2-0.0069 Å2--0.0118 Å2
L1.0124 °2-0.373 °2-0.3248 °2-0.6602 °20.2278 °2--0.5921 °2
S0.0268 Å °0.0706 Å °-0.0916 Å °-0.0594 Å °-0.0269 Å °-0.0003 Å °0.0206 Å °-0.0193 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 242
2X-RAY DIFFRACTION1A500
3X-RAY DIFFRACTION1A256 - 534

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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