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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gxq | ||||||
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タイトル | Structure of ArtA and DNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / ribbon-helix-helix / Plasmid / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Ni, L. / Firth, N. / Schumacher, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009 タイトル: The Staphylococcus aureus pSK41 plasmid-encoded ArtA protein is a master regulator of plasmid transmission genes and contains a RHH motif used in alternate DNA-binding modes. 著者: Ni, L. / Jensen, S.O. / Ky Tonthat, N. / Berg, T. / Kwong, S.M. / Guan, F.H. / Brown, M.H. / Skurray, R.A. / Firth, N. / Schumacher, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gxq.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gxq.ent.gz | 31.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3gxq_validation.pdf.gz | 444.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3gxq_full_validation.pdf.gz | 448.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3gxq_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3gxq_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/3gxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/3gxq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6203.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ArtA, SAUSA300_pUSA030009 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q2FDC9, UniProt: A0A0H2XIU6*PLUS #2: DNA鎖 | | 分子量: 3053.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | | 分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10% PEG 2000, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11588 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→61.08 Å / Num. obs: 6644 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1213 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 73.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.35→35.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1114443.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.9814 Å2 / ksol: 0.350224 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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