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- PDB-3gxq: Structure of ArtA and DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gxq
タイトルStructure of ArtA and DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*T)-3')
  • Putative regulator of transfer genes ArtA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ribbon-helix-helix / Plasmid / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Putative regulator of transfer genes ArtA / Antitoxin MazE
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ni, L. / Firth, N. / Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: The Staphylococcus aureus pSK41 plasmid-encoded ArtA protein is a master regulator of plasmid transmission genes and contains a RHH motif used in alternate DNA-binding modes.
著者: Ni, L. / Jensen, S.O. / Ky Tonthat, N. / Berg, T. / Kwong, S.M. / Guan, F.H. / Brown, M.H. / Skurray, R.A. / Firth, N. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2009年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative regulator of transfer genes ArtA
B: Putative regulator of transfer genes ArtA
C: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8084
ポリマ－18,8084
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.830, 61.130, 40.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative regulator of transfer genes ArtA


分子量: 6203.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ArtA, SAUSA300_pUSA030009 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q2FDC9, UniProt: A0A0H2XIU6*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*G)-3')


分子量: 3053.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10% PEG 2000, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 200011
2Acetate11
3PEG 200012
4Acetate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月2日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→61.08 Å / Num. obs: 6644 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1213 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 73.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.35→35.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1114443.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 341 5.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 6644 96 %-
all-6920 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.9814 Å2 / ksol: 0.350224 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4 Å20 Å212.46 Å2
2---13.48 Å20 Å2
3---15.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数863 425 0 36 1324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 59 5.4 %
Rwork0.266 1035 -
obs-341 95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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