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- PDB-3gx4: Crystal Structure Analysis of S. Pombe ATL in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gx4
タイトルCrystal Structure Analysis of S. Pombe ATL in complex with DNA
要素
  • Alkyltransferase-like protein 1
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Alkylated DNA damage repair Methylguanine / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


O6-alkylguanine-DNA binding / global genome nucleotide-excision repair / catalytic activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / damaged DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10) / Alkyltransferase-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tubbs, J.L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Flipping of alkylated DNA damage bridges base and nucleotide excision repair.
著者: Tubbs, J.L. / Latypov, V. / Kanugula, S. / Butt, A. / Melikishvili, M. / Kraehenbuehl, R. / Fleck, O. / Marriott, A. / Watson, A.J. / Verbeek, B. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Santibanez- ...著者: Tubbs, J.L. / Latypov, V. / Kanugula, S. / Butt, A. / Melikishvili, M. / Kraehenbuehl, R. / Fleck, O. / Marriott, A. / Watson, A.J. / Verbeek, B. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Santibanez-Koref, M.F. / Millington, C. / Arvai, A.S. / Kroeger, M.D. / Peterson, L.A. / Williams, D.M. / Fried, M.G. / Margison, G.P. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Alkyltransferase-like protein 1
Y: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9425
ポリマ－21,6203
非ポリマー3222
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.728, 59.728, 238.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alkyltransferase-like protein 1


分子量: 13662.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: atl1, SPAC1250.04c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTN9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6OG)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 4005.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器日付: 2008年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 6342

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.7→39.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 39.836 / SU ML: 0.348 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.071 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29619 373 5.6 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.23091 6342 93.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.897 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.44 Å21.22 Å20 Å2
2--2.44 Å20 Å2
3----3.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 528 14 23 1455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0420.0211515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.5442.4042164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.0075107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.67723.04346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.86515163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.183158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2030.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.02980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3590.2846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.390.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2340.297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.380.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8111.5558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9422871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.40931291
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9734.51287
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 21 -
Rwork0.384 286 -
all-307 -
obs--79.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.0633 Å / Origin y: -27.993 Å / Origin z: 3.7723 Å
111213212223313233
T0.0593 Å2-0.0016 Å20.0463 Å2-0.212 Å20.0001 Å2--0.059 Å2
L0.7165 °2-0.2181 °20.41 °2-1.2365 °2-0.0609 °2--2.0735 °2
S-0.0611 Å °-0.0173 Å °-0.0012 Å °-0.0088 Å °0.0473 Å °0.0033 Å °0.1335 Å °-0.1118 Å °0.0138 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION1Y201 - 213
3X-RAY DIFFRACTION1Z214 - 226
4X-RAY DIFFRACTION1X403 - 425
5X-RAY DIFFRACTION1Y302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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