PDB-3gwq: Crystal structure of a putative d-serine deaminase (bxe_a4060) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gwq

タイトル

Crystal structure of a putative d-serine deaminase (bxe_a4060) from burkholderia xenovorans lb400 at 2.00 A resolution

要素

D-serine deaminase

キーワード

LYASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

D-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans LB400 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of D-serine deaminase from Burkholderia xenovorans LB400 (YP_556991.1) from BURKHOLDERIA XENOVORANS LB400 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gwq.cif.gz	183.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gwq.ent.gz	144.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gwq_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gwq_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	3gwq_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	3gwq_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/3gwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/3gwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3d0o-d 3hmk-d 4m1q-d 7b7r-d 6f30-1 7b94-d 6f2t-2 7b3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 381087

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-serine deaminase

B: D-serine deaminase

ヘテロ分子

96 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.637, 113.637, 145.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-785- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	8 - 425
2	1	1	4	B	8 - 425

#1: タンパク質	D-serine deaminase / D-serine dehydratase 分子量: 47780.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans LB400 (バクテリア) 遺伝子: Bxeno_A0401, Bxe_A4060, YP_556991.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q145Q0, D-serine ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.0000M NaCitrate, 0.1M Cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97925

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月8日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97925	1

反射

解像度: 2→29.881 Å / Num. obs: 64237 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.981 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.05	4.9	0.695	1.8	23244	4742	0.695	100
2.05-2.11	4.9	0.548	2.3	22712	4640	0.548	100
2.11-2.17	4.9	0.459	2.8	21916	4482	0.459	100
2.17-2.24	4.9	0.361	3.6	21429	4384	0.361	100
2.24-2.31	4.9	0.312	4.2	20814	4249	0.312	100
2.31-2.39	4.9	0.266	4.9	20092	4096	0.266	100
2.39-2.48	4.9	0.231	5.6	19432	3966	0.231	100
2.48-2.58	4.9	0.199	6.7	18822	3822	0.199	99.9
2.58-2.7	4.9	0.173	7.9	18001	3659	0.173	99.8
2.7-2.83	4.9	0.144	9.9	17278	3519	0.144	99.7
2.83-2.98	4.9	0.117	12.5	16424	3329	0.117	99.4
2.98-3.16	4.9	0.104	15.2	15503	3139	0.104	99.1
3.16-3.38	4.9	0.094	18.6	14504	2946	0.094	98.7
3.38-3.65	4.9	0.083	23	13512	2745	0.083	98.1
3.65-4	4.9	0.075	25.6	12379	2510	0.075	97.6
4-4.47	5	0.064	28.6	11294	2269	0.064	96.6
4.47-5.16	5	0.055	30.7	10020	2008	0.055	95.8
5.16-6.32	5	0.055	30	8436	1683	0.055	94.5
6.32-8.94	4.9	0.055	32.1	6443	1307	0.055	92.7
8.94-29.89	4.6	0.046	34.4	3444	742	0.046	88.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→29.881 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.615 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.141
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	3250	5.1 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	64159	98.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.12 Å² / B_iso mean: 30.499 Å² / B_iso min: 5.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6218	0	25	471	6714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.438	1.96	8970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3.001	10894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.983	5	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.918	23.092	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.236	15	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.801	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	3384
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.068	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.27	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.669	3	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.739	3	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.74	5	6554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.83	8	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.846	11	2388

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5063 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.55	0.5
MEDIUM THERMAL	1.39	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	235	-
R_work	0.225	4504	-
all	-	4739	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7831	0.0569	-0.2605	0.5104	0.1105	0.2738	-0.0147	0.1871	-0.0333	-0.1607	-0.0028	-0.045	-0.0014	-0.0065	0.0174	-0.0217	0.0107	-0.0107	0.0312	0.003	-0.0466	25.0484	29.2853	34.8794
2	0.3913	-0.0815	-0.1634	0.1313	0.1841	0.3393	0.0255	0.0427	0.0926	-0.0594	-0.0189	-0.043	-0.0842	0.008	-0.0066	-0.0352	0.0065	-0.014	-0.0427	0.016	-0.0022	23.962	46.3484	58.5847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 425
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 425

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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