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万見
- PDB-3gwm: Crystal structure of the holo-[Acyl-Carrier-Protein] Synthase (AC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gwm
タイトルCrystal structure of the holo-[Acyl-Carrier-Protein] Synthase (ACPS) from Mycobacterium smegmatis
要素Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
キーワードTRANSFERASE / Homo-trimer / 9-stand pseudo beta barrel protein / Cytoplasm / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Poulsen, C. / Wilmanns, M. / Song, Y.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the holo-[Acyl-Carrier-Protein] Synthase (ACPS) from Mycobacterium
著者: Poulsen, C. / Wilmanns, M. / Song, Y.H.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3434
ポリマ－14,0551
非ポリマー2883
水2,792155
1
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子

A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子

A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,02912
ポリマ－42,1643
非ポリマー8659
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.450, 67.450, 86.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-150-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase acpS / Holo-ACP synthase


分子量: 14054.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: MC2 155
参照: UniProt: A0R1H6, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.5, 16% PEG 400, 200mM (NH4)SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection数: 32734 / Rmerge(I) obs: 0.094 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 8718 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
9.392510110010.046
6.649.3917998.910.05
5.426.6422298.710.058
4.75.4228099.610.053
4.24.731599.410.054
3.834.233599.710.06
3.553.8338399.210.062
3.323.5539799.510.067
3.133.3243199.810.07
2.973.1345499.810.087
2.832.9747010010.103
2.712.8348710010.121
2.612.7154410010.145
2.512.6154110010.181
2.432.5156310010.201
2.352.4355710010.231
2.282.3561810010.27
2.212.2860699.810.308
2.152.2161998.610.345
2.12.1561695.210.351
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 16195 / Num. obs: 15966 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 26.967 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 2864 / Num. unique all: 1207 / Num. unique obs: 1080 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→21.851 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.862 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 798 5 %Random
Rwork0.172 ---
obs0.174 15958 98.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.365 Å2 / ksol: 0.438 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 106.41 Å2 / Biso mean: 25.937 Å2 / Biso min: 7.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.412 Å20 Å2-0 Å2
2--1.412 Å20 Å2
3----2.824 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1987 0 15 155 2157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7433663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.132502
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.696-1.8030.2891290.242442257195
1.803-1.9420.2891350.2272561269699
1.942-2.1370.2151330.17525372670100
2.137-2.4460.1851340.1692541267599
2.446-3.080.1991340.152540267499
3.08-21.8530.1711330.1582539267299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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