PDB-3gwd: Closed crystal structure of cyclohexanone monooxygenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gwd

タイトル

Closed crystal structure of cyclohexanone monooxygenase

要素

Cyclohexanone monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein Biocatalysis Baeyer-Villiger oxidation Green Chemistry / Monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mirza, I.A. / Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of cyclohexanone monooxygenase reveal complex domain movements and a sliding cofactor
著者: Mirza, I.A. / Yachnin, B.J. / Wang, S. / Grosse, S. / Bergeron, H. / Imura, A. / Iwaki, H. / Hasegawa, Y. / Lau, P.C. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2009年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gwd.cif.gz	125 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gwd.ent.gz	94.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/3gwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/3gwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gwfC 1w4xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6a37-d 2ylw-d 6er9-1 5gue-1 2rgo-3 5aju-1 4ap1-d 3up5-2 5j7x-d 4rg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclohexanone monooxygenase

ヘテロ分子

62.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.485, 90.989, 100.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyclohexanone monooxygenase 分子量: 59994.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: HI-31 / 遺伝子: chnB, chnB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6RXW1, UniProt: C0STX7*PLUS, cyclohexanone monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5 and 30% PEG8000, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.3→26.53 Å / Num. all: 23488 / Num. obs: 23460 / % possible obs: 99.88 %
反射シェル	解像度: 2.3→2.424 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1W4X

1w4x

解像度: 2.3→26.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 14.129 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24514	2613	10 %	RANDOM
R_work	0.18267	-	-	-
obs	0.18889	23460	99.88 %	-
all	-	23488	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.075 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4173	0	127	149	4449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.973	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.63	5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.783	23.726	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.081	15	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.13	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.547	1.5	2701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.924	2	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.495	3	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.312	4.5	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.424 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	349	-
R_work	0.209	3390	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9126	-0.1731	-0.0437	1.9638	-0.1647	1.1135	0.0806	0.1327	0.07	-0.2532	0.0528	-0.1678	0.0286	0.0133	-0.1335	-0.1525	-0.025	-0.008	-0.1298	0.0508	-0.2293	-11.8088	10.8352	0.2114
2	0.5841	-2.4236	0.3885	10.0572	-1.6123	0.2585	-0.809	-0.0356	0.0652	0.3827	0.5589	-0.2174	-0.3799	0.0852	0.2501	0.0239	0.0102	-0.0929	-0.0057	0.0652	-0.1414	-7.6421	0.4673	17.4909
3	0.7313	-1.0999	0.7644	3.5231	-0.9978	2.8116	0.0343	-0.0774	-0.1437	-0.1153	-0.0567	-0.4008	0.1979	0.3561	0.0225	-0.0532	0.0042	-0.0605	-0.0785	0.0637	-0.0225	-0.5186	-12.5982	13.5646
4	3.3031	-0.1688	1.2448	3.1666	-1.8912	2.1686	-0.0727	0.6281	-0.357	-0.7695	0.1759	0.3181	0.5138	-0.2445	-0.1032	0.168	-0.1426	-0.1787	0.0972	0.0041	0.006	-25.8057	-8.7553	-4.9687
5	1.7276	-1.0764	1.2225	1.8009	-1.0263	1.6721	0.0787	-0.2211	-0.6134	-0.2356	0.2567	0.4863	0.3656	-0.1903	-0.3353	0.0441	-0.0685	-0.0788	-0.0299	0.1529	0.1377	-17.5088	-18.9309	15.4213
6	2.6411	-0.0358	0.442	2.6362	-0.0261	1.4049	0.0397	-0.2659	0.1193	0.1954	0.0167	0.233	0.0409	-0.1829	-0.0564	-0.1831	-0.0425	0.0036	-0.1139	0.049	-0.2119	-23.7161	14.2915	14.0318
7	9.9963	2.765	2.36	4.9929	1.6393	10.1821	0.1042	-0.7921	-0.2355	0.5684	0.5166	0.4775	0.584	-0.3638	-0.6208	0.0307	-0.0198	-0.033	-0.041	0.1162	-0.1186	-19.3026	-2.3737	23.2036
8	3.3138	-2.5781	0.8047	6.1237	-2.1737	3.1445	0.0907	-0.1803	0.2036	-0.0036	0.0842	0.4466	-0.0051	-0.4405	-0.1749	-0.2558	-0.0246	-0.0034	-0.0904	0.1063	-0.1353	-31.7749	13.0779	10.234
9	16.7979	5.2742	3.7891	6.6012	2.0654	4.16	-0.3817	-0.2311	-0.0914	-0.9162	0.2728	0.0339	-0.0289	0.1222	0.1088	0.0208	-0.035	-0.0475	0.0267	0.0201	-0.0479	-12.7284	3.2474	6.6678
10	3.6684	-3.5338	-1.6885	6.4069	1.0824	2.2402	-0.3521	-0.1539	-0.4365	-0.5177	1.1618	0.5048	-0.091	-0.7887	-0.8098	0.0937	-0.0722	-0.0983	0.1193	0.0984	0.0778	-12.4734	-7.8043	16.2294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 142
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	143 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	155 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	212 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	252 - 385
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	386 - 486
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	487 - 502
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	503 - 535
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	541
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	542

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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