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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gvy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of bacterioferritin from R.sphaeroides | ||||||
![]() | Bacterioferritin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / bacterioferritin / ferritin / iron storage / di-iron / ferroxidase activity / heme | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hwang, K.Y. / Nam, K.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of bacterioferritin from Rhodobacter sphaeroides 著者: Nam, K.H. / Xu, Y. / Piao, S. / Priyadarshi, A. / Lee, E.H. / Kim, H.-Y. / Jeon, Y.H. / Ha, N.-C. / Hwang, K.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jgcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18560.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native protein as-isolated / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.42 % / Mosaicity: 1.276 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Na-citrate, pH5.6, 14-20% (w/v) PEG 200, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 17331 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.988 / Net I/av σ(I): 8.714 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 90720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JGC 解像度: 2.8→41.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.782 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 13.789 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.968 / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.47 Å2 / Biso mean: 24.253 Å2 / Biso min: 7.44 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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