PDB-3gvr: Single-chain UROD Y164G (GY) mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gvr

タイトル

Single-chain UROD Y164G (GY) mutation

要素

Uroporphyrinogen decarboxylase

キーワード

LYASE / uroporphyrinogen / decarboxylase / heme biosynthesis / Acetylation / Cytoplasm / Disease mutation / Phosphoprotein / Porphyrin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Hill, C.P. / Phillips, J.D. / Whitby, F.G. / Warby, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Substrate shuttling between active sites of uroporphyrinogen decarboxylase is not required to generate coproporphyrinogen.
著者: Phillips, J.D. / Warby, C.A. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P.

履歴

登録	2009年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gvr.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gvr.ent.gz	63.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gvr_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gvr_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	3gvr_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	3gvr_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvqC 3gvvC 3gvwC 1uro C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gw0-1 1jpk-1 1jpi-1 2q6z-1 3gvq-1 1jph-1 3gw3-1 3gvv-1 4wsh-d 6ayu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uroporphyrinogen decarboxylase

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uroporphyrinogen decarboxylase

ソフトウェアが定義した集合体
81.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.447, 103.447, 70.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Uroporphyrinogen decarboxylase / URO-D / UPD 分子量: 40831.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UROD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06132, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化	手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: hanging drop

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月18日 / 詳細: yale mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

Av σ(I) over netI: 15.35 / 数: 135250 / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.03 / D res high: 2.2 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 22288 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
4.74	40	96.1	1	0.069	1.285
3.76	4.74	99	1	0.086	1.39
3.29	3.76	99.8	1	0.103	1.086
2.99	3.29	99.8	1	0.138	1.078
2.77	2.99	100	1	0.176	0.937
2.61	2.77	99.9	1	0.227	0.952
2.48	2.61	99.9	1	0.273	0.858
2.37	2.48	100	1	0.31	0.81
2.28	2.37	99.9	1	0.373	0.842
2.2	2.28	98.6	1	0.395	0.862

反射

解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 22288 / % possible obs: 99.3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.029 / Net I/σ(I): 15.353

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.2-2.28	0.395	2186	0.862	98.6
2.28-2.37	0.373	2207	0.842	99.9
2.37-2.48	0.31	2203	0.81	100
2.48-2.61	0.273	2236	0.858	99.9
2.61-2.77	0.227	2209	0.952	99.9
2.77-2.99	0.176	2233	0.937	100
2.99-3.29	0.138	2232	1.078	99.8
3.29-3.76	0.103	2248	1.086	99.8
3.76-4.74	0.086	2262	1.39	99
4.74-40	0.069	2272	1.285	96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

解像度: 2.2→14.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.239 / WR_factor R_work: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.822 / SU B: 6.084 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.243 / SU R_free: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PROTEIN IS A SINGLE-CHAIN FUSION DIMER OF HUMAN UROD WITH Y164 MUTATED TO A G IN THE FIRST OF THE TWO HALVES. BECAUSE THE CRYSTAL IS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1145	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.197	22265	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.03 Å² / B_iso mean: 39.999 Å² / B_iso min: 19.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.06 Å²	-1.03 Å²	0 Å²
2-	-	-2.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2805	0	0	125	2930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.243	1.952	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.461	5	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.8	23.233	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.963	15	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.351	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.861	1.5	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.504	2	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.929	3	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.138	4.5	1045

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	70	-
R_work	0.234	1474	-
all	-	1544	-
obs	-	-	95.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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