PDB-3guq: Crystal structure of novel carcinogenic factor of H. pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3guq

タイトル

Crystal structure of novel carcinogenic factor of H. pylori

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

TOXIN / TNFa inducing factor / long alpha helix / Novel carcinogenic factor

機能・相同性

Helicobacter TNF-alpha-Inducing protein / Helicobacter TNF-alpha-inducing protein / TNF-alpha-Inducing protein of Helicobacter / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta / Tumor necrosis factor alpha-inducing protein

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Tsurumura, T. / Tsuge, H. / Utsunomiya, H. / Kise, D. / Kuzuhara, T. / Fujiki, H. / Suganuma, M.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the Helicobacter pylori-carcinogenic TNF-alpha-inducing protein.
著者: Tsuge, H. / Tsurumura, T. / Utsunomiya, H. / Kise, D. / Kuzuhara, T. / Watanabe, T. / Fujiki, H. / Suganuma, M.

履歴

登録	2009年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3guq.cif.gz	43 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3guq.ent.gz	31 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3guq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3guq_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3guq_full_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示
XML形式データ	3guq_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	3guq_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wcr-d 3gio-d 5y6o-3 6ipk-d 7abb-d 6fsh-3 4a5p-2 5y6o-1 5vvh-1 1lg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.518, 69.518, 69.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Novel carcinogenic factor / TNF-a inducing factor 分子量: 19046.838 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-166 (UNP residues 21-192) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP0596, HP_0596 / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O25318
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	STRUCTURE WAS DETERMINED DELTIPA, WHICH IS N-TERMINAL DELETION MUTANT(2-LQACTC-7).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M HEPES (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.47→50 Å / Num. all: 7160 / Num. obs: 7038 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 70.382 Å² / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.47→2.6 Å / 冗長度: 7.3 % / Num. unique all: 1006 / R_sym value: 0.133 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.47→45.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 8.67 / SU ML: 0.204 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2809	322	4.5 %	RANDOM
R_work	0.22641	-	-	-
obs	0.22897	6779	98.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.455 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.28 Å²	1.14 Å²	0 Å²
2-	-	2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→45.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1145	0	0	34	1179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.951	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.986	3	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.353	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.253	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.319	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.725	1.5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.342	2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.196	3	455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.653	4.5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.534 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.264	24
R_work	0.211	494

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.2185	3.7666	2.5042	14.5284	1.7388	7.9021	-0.2848	-0.7915	1.164	0.5892	0.1093	0.8007	0.0765	-1.0778	0.1755	0.2925	-0.0221	0.1428	0.3535	-0.0885	0.2717	5.8024	12.6038	5.4645
2	4.0879	-3.8703	-4.9816	8.7282	9.7507	9.6626	-0.2818	0.3209	-0.2272	0.5818	-0.2035	-0.1279	0.9023	-0.3944	0.4853	0.4565	-0.0027	0.1979	0.1936	0.0972	0.1911	20.5035	4.9958	2.5014
3	5.2923	-10.5852	-2.9478	45.976	17.4114	9.4344	0.0931	-0.1429	-0.0483	-0.119	0.4714	-2.0739	-0.2043	0.1861	-0.5644	0.4111	0.0153	0.0908	0.0777	0.0379	0.2821	23.311	6.4571	5.4948
4	3.8474	2.5225	-10.385	20.3855	4.4927	2.7652	-0.4547	0.2021	-0.0126	-0.5095	0.1785	0.1315	0.1685	-0.4677	0.2762	0.2709	0.0019	-0.0373	0.2686	-0.0079	0.2397	19.79	21.5117	5.5849
5	5.1686	-6.2851	0.1375	5.2367	0.2065	4.7167	-0.1565	-0.279	0.7699	0.181	0.3004	0.0583	-0.2259	0.1919	-0.1439	0.2438	0.01	0.0131	0.26	-0.091	0.2684	21.1396	38.1169	6.7444
6	1.3326	2.0637	-2.3089	8.4464	-3.9102	6.0386	0.0007	-0.0888	-0.0829	0.1487	-0.0698	-0.6374	0.3676	0.5931	0.0691	0.2165	0.091	-0.0592	0.3014	-0.0281	0.2534	26.032	22.0483	8.3693
7	15.5029	-2.1477	6.0942	16.3899	12.2508	38.4458	1.1716	1.104	-1.8063	0.32	-0.3749	0.2556	1.8057	0.0476	-0.7967	0.3105	0.0477	0.0692	0.0371	-0.0551	0.4165	12.6187	1.5677	0.5098
8	12.6437	5.1159	8.4488	11.8192	7.6955	16.7056	0.3491	-0.6361	-0.5029	0.3183	-0.6769	0.1734	0.478	-0.6928	0.3278	0.3657	-0.043	0.1148	0.1502	0.027	0.1555	14.9292	8.6297	5.9566
9	9.7551	5.8697	-6.4732	11.0878	-1.316	6.8459	0.6237	-0.5802	0.1173	1.0867	-0.332	-0.7301	0.1773	0.6377	-0.2917	0.2256	0.0825	-0.1844	0.3372	-0.0269	0.2282	29.1077	25.2864	16.1597
10	3.7597	6.0409	-2.1354	11.3798	0.4626	3.1944	0.1057	-0.4137	0.4674	0.8916	-0.1202	0.1117	0.0715	0.1213	0.0146	0.2408	0.0553	-0.0603	0.3434	-0.0989	0.2403	22.3315	31.4829	15.4838

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	60 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	69 - 84
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	85 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	107 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	117 - 123
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	124 - 140
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	141 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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