PDB-3guj: T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3guj

タイトル

T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--Benzene binding

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / T4 lysozyme / apolar cavity / buried charge / ligand binding / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Liu, L. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
著者: Liu, L. / Baase, W.A. / Michael, M.M. / Matthews, B.W.

履歴

登録	2009年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3guj.cif.gz	53.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3guj.ent.gz	37.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3guj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3guiSC 3gukC 3gulC 3gumC 3gunC 3guoC 3gupC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	211l-d 130l-d 1ctw-d 248l-d 118l-d 5kii-d 146l-d 184l-d 243l-d 187l-d 1ks3-d 129l-d 1qtc-d 1cv3-d 1l62-d 165l-d 235l-d 1l77-d 1qud-d 1dyf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (7) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (7)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.814, 48.814, 128.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-638- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18709.568 Da / 分子数: 1 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

#1: タンパク質

Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin

分子量: 18709.568 Da / 分子数: 1 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 183分子

#2: 化合物	ChemComp-BNZ / BENZENE / ベンゼン分子量: 78.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 8000, 0.2M ammounium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45.644 Å / Num. obs: 19653 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GUI

3gui

解像度: 1.6→45.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.023 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23884	1008	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20243	-	-	-
obs	0.20425	18627	92.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1293	0	34	178	1505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.979	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.977	5	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.741	23.281	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.819	15	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.758	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.714	1.5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.031	2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.854	3	598
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.86	4.5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.645 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	87	-
R_work	0.303	1361	-
obs	-	-	94.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4972	0.4557	1.4945	6.0564	-1.8145	5.7579	-0.0753	-0.2792	-0.1404	0.1121	0.0256	0.0468	0.4369	-0.2363	0.0496	-0.0247	-0.0411	-0.003	-0.0793	0.0153	-0.0799	15.759	-26.31	58.054
2	2.6287	-0.0298	-0.8531	2.1464	3.6472	7.7656	0.0161	0.1911	-0.1138	0.1707	0.0709	-0.1121	0.5129	0.0669	-0.0871	0.0472	0.0193	-0.0258	-0.1325	-0.0055	-0.0797	23.147	-32.063	41.714
3	1.8894	0.2581	-0.5777	2.8795	0.165	2.7801	0.2837	-0.0787	0.3244	0.0115	-0.0788	0.1517	-0.0349	-0.0152	-0.2049	-0.0644	-0.0326	0.0539	-0.1178	-0.0209	-0.0587	19.821	-16.725	54.709
4	1.0828	-0.0906	-0.2047	0.6704	0.3343	2.1861	0.112	0.0683	0.0463	-0.0376	0.0019	-0.0407	0.1198	-0.0036	-0.1139	-0.0154	-0.003	0.0188	-0.0939	-0.0011	-0.064	22.43	-23.718	49.26

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	603 - 770

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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