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万見
- PDB-3gud: Crystal structure of a novel intramolecular chaperon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gud
タイトルCrystal structure of a novel intramolecular chaperon
要素Neck appendage protein
キーワードCHAPERONE / 3-helix bundle / chaperon
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Neck appendage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage GA-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schulz, E.C. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of an intramolecular chaperone mediating triple-beta-helix folding.
著者: Schulz, E.C. / Dickmanns, A. / Urlaub, H. / Schmitt, A. / Muhlenhoff, M. / Stummeyer, K. / Schwarzer, D. / Gerardy-Schahn, R. / Ficner, R.
履歴
登録2009年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neck appendage protein
B: Neck appendage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7346
ポリマ－30,4902
非ポリマー2444
水1,53185
1
A: Neck appendage protein
ヘテロ分子

A: Neck appendage protein
ヘテロ分子

A: Neck appendage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2939
ポリマ－45,7353
非ポリマー5586
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
2
B: Neck appendage protein
ヘテロ分子

B: Neck appendage protein
ヘテロ分子

B: Neck appendage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9109
ポリマ－45,7353
非ポリマー1756
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.040, 84.040, 41.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-20-

HOH

詳細The biological assembly is a Trimer generated from one monomer in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neck appendage protein


分子量: 15244.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage GA-1 (ファージ) / 遺伝子: gene 12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q9FZW3

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非ポリマー , 5種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.8
詳細: 25-30% PEG 2000, 0.1 M NaCitrate pH 4.8, 0.1 M (NH4)2SO4, temperature 293K.

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.915
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42 Å / Num. obs: 16515

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→42 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.68 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 829 5.02 %
Rwork0.197 --
obs0.199 16515 99.3 %
all-17344 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.37 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1974 0 10 85 2069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3862748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.812753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2004-2.30050.36231000.39151910X-RAY DIFFRACTION98
2.3005-2.42180.35451040.29771971X-RAY DIFFRACTION98
2.4218-2.57350.32531040.29721984X-RAY DIFFRACTION98
2.5735-2.77220.29341040.291965X-RAY DIFFRACTION98
2.7722-3.05110.25041040.2611970X-RAY DIFFRACTION98
3.0511-3.49240.25421040.20351992X-RAY DIFFRACTION98
3.4924-4.39930.17891040.1411958X-RAY DIFFRACTION98
4.3993-42.02760.191020.13341939X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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