PDB-3gu0: Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gu0

タイトル

Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone

要素

Trigger factor

キーワード

CHAPERONE / molecular chaperone / Cell cycle / Cell division / Isomerase / Rotamase

機能・相同性

機能・相同性情報

'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / regulation of DNA-templated transcription elongation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding / cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Promiscuous substrate recognition in folding and assembly activities of the trigger factor chaperone
著者: Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2009年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gu0.cif.gz	93.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gu0.ent.gz	72.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gu0_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gu0_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	3gu0_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	3gu0_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gtyC 2nsa 2nsb 2nsc C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gty-2 1dqq-d 5itg-d 1xf3-d 6uk2-d 2675 2ai0-9 2y6s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trigger factor

48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.387, 114.487, 94.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Trigger factor / TF 分子量: 48790.414 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-405 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tig, TM_0694 / プラスミド: pet24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZF8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10-15% PEG4000, 200 MgCl2, 100 Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.97903 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97903 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.45→20 Å / Num. obs: 6747 / % possible obs: 93.7 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.106 / Net I/σ(I): 17.492

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.45-3.57	0.321	673	0.798	1	95.6
3.57-3.71	0.254	668	0.863	1	95.6
3.71-3.88	0.196	675	0.943	1	95.3
3.88-4.09	0.144	669	0.981	1	94.5
4.09-4.34	0.101	679	1.08	1	94.7
4.34-4.67	0.074	677	1.1	1	94.4
4.67-5.13	0.066	664	1.162	1	93.9
5.13-5.86	0.078	685	1.152	1	92.9
5.86-7.32	0.063	667	1.29	1	91.5
7.32-20	0.041	690	1.705	1	88.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_RTP

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
DIFDAT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.705 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 125.046 / SU ML: 0.85 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.97 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.358	288	4.7 %	RANDOM
R_work	0.244	-	-	-
obs	0.25	6111	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.11 Å² / B_iso mean: 57.932 Å² / B_iso min: 34.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3368	0	0	0	3368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	2.007	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.744	5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.899	25.028	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.866	15	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.416	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.386	1.5	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.705	2	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.613	3	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.119	4.5	1279

LS精密化シェル

解像度: 3.501→3.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	22	-
R_work	0.317	396	-
all	-	418	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0193	0.1152	-0.203	0.6882	-1.2128	2.1375	0.2827	0.0709	0.0176	-0.1276	-0.0938	-0.1483	0.4738	0.0696	-0.1889	0.4231	-0.1828	-0.0802	0.4362	0.0527	0.127	-14.02	-11.585	-26.848
2	0.4405	0.7938	-0.193	2.487	0.5777	1.8774	-0.0275	-0.0383	0.0244	-0.0271	0.0014	-0.0473	0.2441	-0.1463	0.0262	0.0797	-0.0905	0.0167	0.4343	-0.0343	0.1076	-12.945	-33.176	2.145
3	5.9783	-0.7558	2.7125	2.5525	-2.5316	5.2295	-0.0554	-0.1666	-0.1122	-0.2807	-0.169	-0.2933	0.0254	-0.0829	0.2245	0.0447	-0.075	0.0152	0.3168	-0.0274	0.1863	-39.194	-71.339	15.812
4	0.4188	-0.1146	0.9788	7.8104	-2.2795	2.8076	0.0489	-0.4607	-0.0733	-0.1676	0.0413	-0.4313	-0.1878	-0.4224	-0.0902	0.1097	-0.0546	-0.0702	0.4455	0.0079	0.2009	-10.923	-63.963	24.228

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	113 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	270 - 406
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	146 - 225
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	126 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	226 - 269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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