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- PDB-3gt2: Crystal Structure of the P60 Domain from M. avium paratuberculosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gt2
タイトルCrystal Structure of the P60 Domain from M. avium paratuberculosis Antigen MAP1272c
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / P60 Domain / Antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
: / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NlpC/P60 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ramyar, K.X. / Lingle, C.K. / McWhorter, W.J. / Bouyain, S. / Bannantine, J.P. / Geisbrecht, B.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Two P60-Family Antigens from Mycobacterium Avium Paratuberculosis
著者: Ramyar, K.X. / Lingle, C.K. / McWhorter, W.J. / Bouyain, S. / Bannantine, J.P. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4445
ポリマ－15,1281
非ポリマー3164
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.715, 53.212, 38.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 15128.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
株: K-10 / 遺伝子: MAP1272c, MAP_1272c / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q740S0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M BisTris-HCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 4% (v/v) PEG 400, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 9.45 / 数: 47147 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.04 / D res high: 1.75 Å / D res low: 500 Å / Num. obs: 13278 / % possible obs: 96.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.7750096.310.050.9713.7
2.993.7799.910.0551.0474
2.612.9999.910.081.0314.1
2.382.6199.910.0951.064.1
2.22.3899.910.1141.0614.1
2.072.299.910.151.0313.9
1.972.0799.210.1640.9783.5
1.891.9796.610.2011.1163
1.811.8990.610.2091.1162.5
1.751.8178.110.2160.9782.2
反射解像度: 1.75→500 Å / Num. obs: 13278 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.446
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / % possible all: 78.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 0 Å / D res low: 0 Å / FOM : 0 / 反射: 0
Phasing dmFOM : 0.64 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0.6 / 反射: 13001 / Reflection acentric: 12391 / Reflection centric: 610
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5-30.5710.930.940.8757350568
3.1-50.920.930.8118371713124
2.5-3.10.780.790.6323162203113
2.2-2.50.670.670.482294219995
1.9-2.20.490.490.4639783837141
1.8-1.90.430.430.372003193469

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→22.675 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.76 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 1313 10.09 %
Rwork0.183 --
obs0.1848 13012 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.643 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.627 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.534 Å2-0 Å23.888 Å2
2--3.407 Å20 Å2
3----7.941 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→22.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数993 0 30 100 1123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9711407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.002365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.81690.22141130.197971X-RAY DIFFRACTION71
1.8169-1.89960.19471370.19631183X-RAY DIFFRACTION87
1.8996-1.99960.20931490.17641292X-RAY DIFFRACTION94
1.9996-2.12480.21571520.16861364X-RAY DIFFRACTION98
2.1248-2.28880.20011480.16931363X-RAY DIFFRACTION99
2.2888-2.51880.22161530.16881386X-RAY DIFFRACTION99
2.5188-2.88270.21661530.17471372X-RAY DIFFRACTION99
2.8827-3.62950.19621550.1751390X-RAY DIFFRACTION100
3.6295-22.67650.18021530.19611378X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.3847 Å / Origin y: 30.8294 Å / Origin z: 34.5798 Å
111213212223313233
T0.1333 Å20.0108 Å2-0.0012 Å2-0.1459 Å20.01 Å2--0.1428 Å2
L0.2744 °20.6927 °20.0993 °2-0.9183 °20.0131 °2--0.6832 °2
S-0.0414 Å °0.0097 Å °-0.0842 Å °0.0266 Å °0.058 Å °0.0064 Å °0.0304 Å °-0.1162 Å °-0.0196 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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