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- PDB-3gst: STRUCTURE OF THE XENOBIOTIC SUBSTRATE BINDING SITE OF A GLUTATHIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gst
タイトルSTRUCTURE OF THE XENOBIOTIC SUBSTRATE BINDING SITE OF A GLUTATHIONE S-TRANSFERASE AS REVEALED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF PRODUCT COMPLEXES WITH THE DIASTEREOMERS OF 9-(S-GLUTATHIONYL)-10-HYDROXY-9, 10-DIHYDROPHENANTHRENE
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / hepoxilin biosynthetic process / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase ...Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / hepoxilin biosynthetic process / response to metal ion / prostaglandin metabolic process / nickel cation binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / response to axon injury / response to amino acid / xenobiotic catabolic process / steroid binding / glutathione metabolic process / response to lead ion / sensory perception of smell / cellular response to xenobiotic stimulus / response to ethanol / response to xenobiotic stimulus / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GPR / Glutathione S-transferase Mu 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ji, X. / Ammon, H.L. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structure and function of the xenobiotic substrate binding site of a glutathione S-transferase as revealed by X-ray crystallographic analysis of product complexes with the diastereomers ...タイトル: Structure and function of the xenobiotic substrate binding site of a glutathione S-transferase as revealed by X-ray crystallographic analysis of product complexes with the diastereomers of 9-(S-glutathionyl)-10-hydroxy-9,10-dihydrophenanthrene.
著者: Ji, X. / Johnson, W.W. / Sesay, M.A. / Dickert, L. / Prasad, S.M. / Ammon, H.L. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Tyrosine 115 Participates Both in Chemical and Physical Steps of the Catalytic Mechanism of a Glutathione S-Transferase
著者: Johnson, W.W. / Liu, S. / Ji, X. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Glutathione S-Transferase from the Mu Gene Class. Structural Analysis of the Binary Complex of Isoenzyme 3-3 and Glutathione at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Ji, X. / Zhang, P. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Contribution of Tyrosine 6 to the Catalytic Mechanism of Isoenzyme 3-3 of Glutathione S-Transferase
著者: Liu, S. / Zhang, P. / Ji, X. / Johnson, W.W. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
履歴
登録1993年6月7日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX H5A, H5B, H6A, AND H6B OF THE HELIX MAY BE CONSIDERED AS A SINGLE LONG HELIX WHICH BENDS BY ...HELIX H5A, H5B, H6A, AND H6B OF THE HELIX MAY BE CONSIDERED AS A SINGLE LONG HELIX WHICH BENDS BY ABOUT 35 DEGREES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,31311
ポリマ－51,6382
非ポリマー1,6769
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.240, 69.440, 81.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: RESIDUES 38, 60, AND 206 OF BOTH CHAINS ARE CIS PROLINES.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-458-

HOH

21B-287-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8179, -0.1067, 0.5654), (-0.1041, -0.9939, -0.0369), (0.5659, -0.0288, -0.824)
ベクター: -6.3371, 31.8033, 26.4302)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*, WHICH CORRESPONDS TO A ROTATION OF 179.755 DEGREES AROUND THE DIRECTION 0.9534 -0.0553 0.2967.

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量: 25818.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
参照: UniProt: P04905, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GPR / (9R,10R)-9-(S-GLUTATHIONYL)-10-HYDROXY-9,10-DIHYDROPHENANTHRENE / γGlu-S-[(9R,10R)-10-ヒドロキシ-9,10-ジヒドロフェナントレン-9-イル]-L-Cys-Gly-(以下略)


分子量: 501.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N3O7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: referred to 'Sesay, M. A.', (1987) J.Mol.Biol., 197, 377-378
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
111.3 mg/mlprotein1drop
23.5 mM(9R,-10R)-9,10-dihydro-9-(S-glutathionyl)-10-hydroxyphenanthrene1drop
30.4 %(w/v)beta-octylglucopyranoside1drop
440 %(w/v)satammonium sulfate1drop
510 mM1dropKH2PO4
660-74 %(w/v)satammonium sulfate1reservoir
70.46 %(w/v)beta-octylglucopyranoside1reservoir
810 mM1reservoirKH2PO4

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. all: 94783 / Num. obs: 34613 / Rmerge(I) obs: 0.0837

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解析

ソフトウェア名称: GPRLSA / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.159 / 最高解像度: 1.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3636 0 105 437 4178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: GPRLSA / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 28714 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.159
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.742
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.408
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.208
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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