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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gss | ||||||
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タイトル | HUMAN GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1 IN COMPLEX WITH ETHACRYNIC ACID-GLUTATHIONE CONJUGATE | ||||||
![]() | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLUTATHIONE / PI / DETOXIFICATION / ETHACRYNIC ACID | ||||||
機能・相同性 | ![]() S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / response to L-ascorbic acid / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / nitric oxide binding / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / Paracetamol ADME / oligodendrocyte development / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JNK cascade / prostaglandin metabolic process / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to glucocorticoid stimulus / regulation of stress-activated MAPK cascade / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / animal organ regeneration / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to amino acid / toxic substance binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / fatty acid binding / central nervous system development / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / vesicle / response to ethanol / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oakley, A.J. / Rossjohn, J. / Parker, M.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structure of the human Pi class glutathione transferase P1-1 in complex with the inhibitor ethacrynic acid and its glutathione conjugate. 著者: Oakley, A.J. / Rossjohn, J. / Lo Bello, M. / Caccuri, A.M. / Federici, G. / Parker, M.W. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Class Pi Glutathione S-Transferase from Human Placenta in Complex with S-Hexylglutathione at 2.8 A Resolution 著者: Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Lo Bello, M. / Federici, G. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.938073, 0.148235, 0.313123), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 23246.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEXED WITH ETHACRYNIC ACID-GLUTATHIONE CONJUGATE 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 371分子 








#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.2 / 詳細: pH 5.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 33121 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 61022 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GSS 解像度: 1.9→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 1 Å2 / Rms dev position: 500 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 3.9628 % |