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万見
- PDB-3gsm: Vibrio cholerae family 3 glycoside hydrolase (NagZ) bound to N-Va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gsm
タイトルVibrio cholerae family 3 glycoside hydrolase (NagZ) bound to N-Valeryl-PUGNAc
要素Beta-hexosaminidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolases / Cell cycle / Cell division / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Glycosidase / Peptidoglycan synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan turnover / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VPU / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Balcewich, M.D. / Mark, B.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Insight into a strategy for attenuating AmpC-mediated beta-lactam resistance: structural basis for selective inhibition of the glycoside hydrolase NagZ.
著者: Balcewich, M.D. / Stubbs, K.A. / He, Y. / James, T.W. / Davies, G.J. / Vocadlo, D.J. / Mark, B.L.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2944
ポリマ－37,7151
非ポリマー5803
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.980, 86.440, 86.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細one biological molecule in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 37714.848 Da / 分子数: 1 / 変異: E19A, Q22A, K54A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: family 3 glycoside hydrolase NagZ, nagZ, VC_0692 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD HTE / 参照: UniProt: Q9KU37, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-VPU / [[(3R,4R,5S,6R)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-3-(pentanoylamino)oxan-2-ylidene]amino] N-phenylcarbamate / N-Valeryl-PUGNAc / 2-(バレリルアミノ)-1-(フェニルカルバモイルオキシイミノ)-1,2-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


分子量: 395.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H25N3O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 13% PEG 20,000, 10% glycerol, 100mM Bis-Tris pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.08 Å / Num. all: 14609 / Num. obs: 14482 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.97 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OXN

2oxn


解像度: 2.4→61.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 9.329 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The VPU residue, bound inhibitor N-valeryl PUGNAc, has missing atoms: OAQ CAP OAR NAO CAS CAT CAU CAV CAW CAX. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27174 727 5 %RANDOM
Rwork0.20937 ---
obs0.2125 13755 99.14 %-
all-15335 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→61.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2512 0 30 128 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.973521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.63235525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8935321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70523.984123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.25715430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7791519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.51604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0911.5663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99122549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46131005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4994.5972
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 58 -
Rwork0.28 979 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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