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- PDB-3gsk: A Bulky Rhodium Complex Bound to an Adenosine-Adenosine DNA Mismatch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gsk
タイトルA Bulky Rhodium Complex Bound to an Adenosine-Adenosine DNA Mismatch
要素5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*G)-3'
キーワードDNA / DNA MISMATCH / METALLOINTERCALATOR / DNA RECOGNITION
機能・相同性CACODYLATE ION / Chem-R1C / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zeglis, B.M. / Pierre, V.C. / Kaiser, J.T. / Barton, J.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: A bulky rhodium complex bound to an adenosine-adenosine DNA mismatch: general architecture of the metalloinsertion binding mode
著者: Zeglis, B.M. / Pierre, V.C. / Kaiser, J.T. / Barton, J.K.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*G)-3'
A: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8195
ポリマ－7,3432
非ポリマー1,4763
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.337, 48.337, 69.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*G)-3'


分子量: 3671.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#2: 化合物 ChemComp-R1C / bis(2,2'-bipyridine-kappa~2~N~1~,N~1'~)[chrysene-5,6-diiminato(2-)-kappa~2~N,N']rhodium(4+) / DELTA-Rhodium(III)- bis-(2,2'-bipyridyl)-5,6-chrysenequinone diimine


分子量: 669.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H26N6Rh / 詳細: ORGANOMETALLIC
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20 mM sodium cacodylate, 6 mM spermine, 4HCl,40 mM NaCl, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.0046 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0046 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35 Å / Num. obs: 22677 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHELXD位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→20.271 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 1131 4.99 %
Rwork0.1838 --
obs0.1859 22677 94.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 76.07 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 488 95 89 672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.67290.31261280.25462541X-RAY DIFFRACTION89
1.6729-1.7610.29591480.21792554X-RAY DIFFRACTION91
1.761-1.87130.22291420.18922627X-RAY DIFFRACTION92
1.8713-2.01560.26821380.18782690X-RAY DIFFRACTION93
2.0156-2.21830.24221300.19092685X-RAY DIFFRACTION96
2.2183-2.53870.22021650.17382791X-RAY DIFFRACTION98
2.5387-3.19650.2721500.18812798X-RAY DIFFRACTION99
3.1965-20.27230.18211300.17112860X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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