[日本語] English
万見
- PDB-3gs3: Structure of the N-terminal HEAT Domain of Symplekin from D. mela... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gs3
タイトルStructure of the N-terminal HEAT Domain of Symplekin from D. melanogaster
要素Symplekin
キーワードTranscription / Protein Binding / helix-turn-helix HEAT repeat extended loop
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kennedy, S.A. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the HEAT domain from the Pre-mRNA processing factor Symplekin.
著者: Kennedy, S.A. / Frazier, M.L. / Steiniger, M. / Mast, A.M. / Marzluff, W.F. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2009年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Symplekin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3151
ポリマ－28,3151
非ポリマー00
水2,468137
1
A: Symplekin

A: Symplekin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6292
ポリマ－56,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.336, 68.336, 139.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Symplekin / LD45768p


分子量: 28314.590 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-270 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG2097, Dmel_CG2097 / プラスミド: pMCGS9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 GOLD / 参照: UniProt: Q8MSU4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 27% PEG 3350 0.425 M sodium citrate 10 mM HEPES 1 mM DTT 0.01% sodium azide , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97190, 0.97958
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97191
20.979581
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 13568 / Num. obs: 12295 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 876 -Random
Rwork0.2068 ---
all0.2068 13568 --
obs0.2068 12295 90.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1922 0 0 137 2059

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る