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- PDB-3grb: Crystal structure of the F87M/L110M mutant of human transthyretin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3grb
タイトルCrystal structure of the F87M/L110M mutant of human transthyretin at pH 6.5
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transthyretin / Amyloid / Amyloidosis / Disease mutation / Gamma-carboxyglutamic acid / Glycoprotein / Hormone / Neuropathy / Retinol-binding / Secreted / Thyroid hormone / Transport / Vitamin A / Ligand Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Palmieri, L.C. / Freire, J.B.B. / Foguel, D. / Lima, L.M.T.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Novel Zn2+-binding sites in human transthyretin: implications for amyloidogenesis and retinol-binding protein recognition.
著者: Palmieri, L.de.C. / Lima, L.M. / Freire, J.B. / Bleicher, L. / Polikarpov, I. / Almeida, F.C. / Foguel, D.
履歴
登録2009年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
D: Transthyretin
C: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,90229
ポリマ－55,1184
非ポリマー1,78425
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10610 Å2
ΔGint-457 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.800, 62.197, 47.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit content is the biological units

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要素

#1: タンパク質
Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR


分子量: 13779.420 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21 to 147 / 変異: F87M,L110M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ZINC ACETATE 0.2 M, SODIUM CITRATE 0.1 M, AMMONIUM SULFATE 2,0M, PH 6.5; CRYSTALS WERE SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 10 % GLYCEROL BEFORE FREEZING IN LIQUID NITROGEN, VAPOR ...詳細: ZINC ACETATE 0.2 M, SODIUM CITRATE 0.1 M, AMMONIUM SULFATE 2,0M, PH 6.5; CRYSTALS WERE SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 10 % GLYCEROL BEFORE FREEZING IN LIQUID NITROGEN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25.48 Å / Num. obs: 54923 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 26.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 7876 / % possible all: 99.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0059精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1f41

1f41


解像度: 1.75→25.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.108 / SU ML: 0.091 / Isotropic thermal model: anysotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25961 2882 5.9 %RANDOM
Rwork0.20293 ---
all0.206 ---
obs0.20626 46093 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20.09 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 78 285 3914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.9495444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1915510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09224165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93315613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7831516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4271.52489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35224046
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01631491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.484.51398
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.84933980
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.9843311
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.93633872
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 206 -
Rwork0.228 3354 -
obs-3354 99.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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