PDB-3gr7: Structure of OYE from Geobacillus kaustophilus, hexagonal crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gr7

タイトル

Structure of OYE from Geobacillus kaustophilus, hexagonal crystal form

要素

NADPH dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVIN / FMN / BETA-ALPHA-BARREL / Flavoprotein / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / response to toxic substance / NADP binding / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Uhl, M.K. / Gruber, K.

引用

ジャーナル: ADV.SYNTH.CATAL. / 年: 2011
タイトル: Old Yellow Enzyme-Catalyzed Dehydrogenation of Saturated Ketones
著者: Schittmayer, M. / Zach, S. / Winkler, M. / Winkler, A. / Macheroux, P. / Uhl, M.K. / Gruber, K. / Kambourakis, S. / Rozzell, D. / Glieder, A.

履歴

登録	2009年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gr7.cif.gz	154.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gr7.ent.gz	120.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gr8C 1z41S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3krz-d 1z44-1 3gr8-1 3kru-d 1z42-1 1z48-1 1z41-1 1jof-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

76.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH dehydrogenase

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.990, 101.990, 260.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-363- HOH
2	1	B-486- HOH

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase / GkOYE / Xenobiotic reductase 分子量: 37725.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 遺伝子: namA / プラスミド: pEamTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q5KXG9, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 50mM Bis-Tris, 50mM ammonium sulfate, 30% v/v pentaerythritole ethoxylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 35123 / Num. obs: 35123 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.618 Å² / R_sym value: 0.136 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / R_sym value: 0.68 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1z41

1z41

解像度: 2.3→28.488 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.869 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	1748	4.98 %	random
R_work	0.2	-	-	-
all	-	35123	-	-
obs	-	35123	96.04 %	-

溶媒の処理

B_sol: 57.939 Å² / k_sol: 0.392 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.87 Å² / B_iso mean: 29.76 Å² / B_iso min: 15.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.786 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.786 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.571 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5316	0	82	392	5790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.855	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.118	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.3-2.312	0.241	434	X-RAY DIFFRACTION	67	82
2.312-2.323	0.256	464	X-RAY DIFFRACTION	67	85
2.323-2.336	0.237	451	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.336-2.348	0.222	463	X-RAY DIFFRACTION	67	87
2.348-2.36	0.248	460	X-RAY DIFFRACTION	67	87
2.36-2.373	0.242	468	X-RAY DIFFRACTION	67	85
2.373-2.386	0.225	471	X-RAY DIFFRACTION	67	88
2.386-2.4	0.233	470	X-RAY DIFFRACTION	67	90
2.4-2.413	0.247	450	X-RAY DIFFRACTION	67	85
2.413-2.427	0.235	477	X-RAY DIFFRACTION	67	87
2.427-2.442	0.231	457	X-RAY DIFFRACTION	67	88
2.442-2.456	0.24	490	X-RAY DIFFRACTION	67	90
2.456-2.471	0.235	487	X-RAY DIFFRACTION	67	92
2.471-2.487	0.225	498	X-RAY DIFFRACTION	67	91
2.487-2.503	0.225	469	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.503-2.519	0.217	472	X-RAY DIFFRACTION	67	91
2.519-2.536	0.228	490	X-RAY DIFFRACTION	67	91
2.536-2.553	0.218	496	X-RAY DIFFRACTION	67	90
2.553-2.57	0.216	484	X-RAY DIFFRACTION	67	92
2.57-2.588	0.21	482	X-RAY DIFFRACTION	67	90
2.588-2.607	0.235	485	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.607-2.626	0.214	474	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.626-2.646	0.225	472	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.646-2.666	0.214	477	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.666-2.687	0.222	489	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.687-2.709	0.209	467	X-RAY DIFFRACTION	67	90
2.709-2.731	0.217	492	X-RAY DIFFRACTION	67	91
2.731-2.754	0.207	510	X-RAY DIFFRACTION	67	92
2.754-2.778	0.209	468	X-RAY DIFFRACTION	67	91
2.778-2.803	0.222	499	X-RAY DIFFRACTION	67	91
2.803-2.829	0.217	486	X-RAY DIFFRACTION	67	90
2.829-2.855	0.21	482	X-RAY DIFFRACTION	67	90
2.855-2.883	0.2	486	X-RAY DIFFRACTION	67	92
2.883-2.912	0.198	517	X-RAY DIFFRACTION	67	92
2.912-2.942	0.215	481	X-RAY DIFFRACTION	67	91
2.942-2.973	0.205	481	X-RAY DIFFRACTION	67	89
2.973-3.006	0.225	515	X-RAY DIFFRACTION	67	93
3.006-3.04	0.198	484	X-RAY DIFFRACTION	67	90
3.04-3.076	0.206	486	X-RAY DIFFRACTION	67	91
3.076-3.113	0.215	496	X-RAY DIFFRACTION	67	90
3.113-3.152	0.222	512	X-RAY DIFFRACTION	67	94
3.152-3.194	0.195	505	X-RAY DIFFRACTION	67	93
3.194-3.238	0.209	496	X-RAY DIFFRACTION	67	93
3.238-3.284	0.188	519	X-RAY DIFFRACTION	67	93
3.284-3.333	0.182	501	X-RAY DIFFRACTION	67	94
3.333-3.385	0.189	517	X-RAY DIFFRACTION	67	94
3.385-3.44	0.192	498	X-RAY DIFFRACTION	67	92
3.44-3.499	0.178	509	X-RAY DIFFRACTION	67	92
3.499-3.563	0.177	490	X-RAY DIFFRACTION	67	93
3.563-3.631	0.172	535	X-RAY DIFFRACTION	67	95
3.631-3.705	0.179	495	X-RAY DIFFRACTION	67	91
3.705-3.786	0.177	515	X-RAY DIFFRACTION	67	93
3.786-3.874	0.174	507	X-RAY DIFFRACTION	67	94
3.874-3.97	0.169	505	X-RAY DIFFRACTION	67	92
3.97-4.077	0.152	533	X-RAY DIFFRACTION	67	94
4.077-4.197	0.169	521	X-RAY DIFFRACTION	67	95
4.197-4.332	0.152	521	X-RAY DIFFRACTION	67	94
4.332-4.486	0.148	518	X-RAY DIFFRACTION	67	93
4.486-4.665	0.173	542	X-RAY DIFFRACTION	67	95
4.665-4.876	0.172	530	X-RAY DIFFRACTION	67	95
4.876-5.132	0.177	526	X-RAY DIFFRACTION	67	94
5.132-5.451	0.197	537	X-RAY DIFFRACTION	67	95
5.451-5.869	0.217	542	X-RAY DIFFRACTION	67	94
5.869-6.453	0.22	561	X-RAY DIFFRACTION	67	96
6.453-7.373	0.219	558	X-RAY DIFFRACTION	67	94
7.373-9.236	0.202	578	X-RAY DIFFRACTION	67	96
9.236-28.49	0.241	624	X-RAY DIFFRACTION	67	95

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