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- PDB-3gqq: Crystal structure of the human retinal protein 4 (unc-119 homolog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gqq
タイトルCrystal structure of the human retinal protein 4 (unc-119 homolog A). Northeast Structural Genomics Consortium target HR3066a
要素Protein unc-119 homolog A
キーワードSPLICING / Human retinal protein 4 / unc-119 homolog A / hRG4 / U119A_HUMAN / HR3066a / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Alternative splicing / Phosphoprotein / Sensory transduction / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / lipoprotein transport / intercellular bridge / phototransduction / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitotic cytokinesis / spindle midzone / visual perception / spindle pole ...negative regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / lipoprotein transport / intercellular bridge / phototransduction / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitotic cytokinesis / spindle midzone / visual perception / spindle pole / endocytosis / nervous system development / chemical synaptic transmission / centrosome / lipid binding / synapse / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Protein unc-119 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.945 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the human retinal protein 4 (unc-119 homolog A).
著者: Vorobiev, S.M. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein unc-119 homolog A
B: Protein unc-119 homolog A
C: Protein unc-119 homolog A
D: Protein unc-119 homolog A
E: Protein unc-119 homolog A
F: Protein unc-119 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,76236
ポリマ－139,7626
非ポリマー030
水14,466803
1
A: Protein unc-119 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2947
ポリマ－23,2941
非ポリマー06
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein unc-119 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2945
ポリマ－23,2941
非ポリマー04
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein unc-119 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2945
ポリマ－23,2941
非ポリマー04
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein unc-119 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2947
ポリマ－23,2941
非ポリマー06
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Protein unc-119 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2947
ポリマ－23,2941
非ポリマー06
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Protein unc-119 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2945
ポリマ－23,2941
非ポリマー04
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.888, 79.560, 189.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Dimer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質
Protein unc-119 homolog A / Retinal protein 4 / hRG4


分子量: 23293.604 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 56-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RG4, UNC119 / プラスミド: pET14-15C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q13432
#2: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 30 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5
詳細: 40% PEG 4000, 0.1M K acetate, 0.1M Na acetate, pH 5.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.945→50 Å / Num. all: 166290 / Num. obs: 166290 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.945→2.02 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 16637 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXD/Eモデル構築
RESOLVEモデル構築
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD/E位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.945→40.51 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. An unknown ligand bound to each hRG4 molecules has been refined. The unknown ligand (UNL) has been modeled in electron density by water molecules.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2138 8332 5.03 %random
Rwork0.1912 ---
obs0.1924 165606 99.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.318 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.945→40.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8457 0 30 803 9290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.262
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.408
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.945-1.96720.25122590.2469477591
1.9672-1.99030.24872960.2335527999
1.9903-2.01460.25752970.2159515799
2.0146-2.04010.23032960.2198526299
2.0401-2.06690.24932930.2086514399
2.0669-2.09520.24142610.2075534299
2.0952-2.12520.21472780.2034518399
2.1252-2.15690.23812930.20235342100
2.1569-2.19060.23772910.20125200100
2.1906-2.22650.24892480.19155365100
2.2265-2.26490.20532580.19855284100
2.2649-2.30610.22662650.2085279100
2.3061-2.35040.23253020.20335237100
2.3504-2.39840.21142720.19645292100
2.3984-2.45050.24592740.20155275100
2.4505-2.50750.21392990.19865285100
2.5075-2.57020.22163020.20115297100
2.5702-2.63970.21022620.19465295100
2.6397-2.71740.21632420.19295326100
2.7174-2.80510.28072570.20445323100
2.8051-2.90530.23862730.21235282100
2.9053-3.02160.24592770.20825312100
3.0216-3.1590.22012760.19715284100
3.159-3.32550.20432910.1855275100
3.3255-3.53380.18492980.17255272100
3.5338-3.80640.17733040.16745257100
3.8064-4.18910.14932840.15195265100
4.1891-4.79450.17252430.1405528499
4.7945-6.03730.19562670.1719516898
6.0373-40.51830.22842740.2206493493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.827-0.55240.18750.7682-0.12850.5640.03060.0808-0.03930.0024-0.00710.02950.04150.047600.11560.0078-0.02260.1246-0.01280.146142.392861.178173.7008
20.7705-0.00550.20520.22180.00221.4014-0.02770.0652-0.03330.02030.0476-0.0245-0.082-0.141900.10740.0361-0.00960.17160.01960.12765.388773.318354.0617
30.41850.09980.07480.9242-0.24350.9146-0.02240.0443-0.01110.06280.0240.074-0.21910.0622-00.1907-0.0193-0.00640.11110.02590.13947.421494.261185.2061
40.29410.3391-0.06380.5468-0.17360.89970.0270.00980.0451-0.05420.00320.07450.0757-0.0398-00.0862-0.0104-0.01940.08950.02220.121746.356854.7584104.2313
50.25920.0261-0.21950.9777-0.36381.63770.036-0.0769-0.0391-0.01830.02240.1374-0.18270.0375-00.18260.00330.0190.09710.01080.154240.066187.4056116.5918
60.55930.22880.25570.50750.06371.34180.0205-0.0184-0.05660.06120.0537-0.08120.243-0.23450.00240.1699-0.0693-0.01720.26890.04610.124742.362398.828653.2736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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