PDB-3gq2: Crystal Structure of the Dimer of the p115 Tether Globular Head Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gq2

タイトル

Crystal Structure of the Dimer of the p115 Tether Globular Head Domain

要素

General vesicular transport factor p115

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / vesicle transport / membrane trafficking / membrane tethering / membrane fusion / SNARE / Rab GTPase / armadillo repeats / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Membrane / Phosphoprotein / Protein transport / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

COPII-mediated vesicle transport / inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Golgi vesicle docking / cytoplasmic side of Golgi membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / COPI-mediated anterograde transport / Golgi stack / transcytosis / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

An, Y. / Elsliger, M.A. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional analysis of the globular head domain of p115 provides insight into membrane tethering.
著者: An, Y. / Chen, C.Y. / Moyer, B. / Rotkiewicz, P. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Wilson, I.A. / Balch, W.E.

履歴

登録	2009年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gq2.cif.gz	259.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gq2.ent.gz	210 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3grlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lu9-d 3d5n-d 5xuu-d 4m0v-d 6j5v-d 6m4r-d 6kut-d 5cim-d 6ays-d 3q3e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (3) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: General vesicular transport factor p115

B: General vesicular transport factor p115

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: General vesicular transport factor p115

ソフトウェアが定義した集合体
72.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: General vesicular transport factor p115

ソフトウェアが定義した集合体
72.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.164, 159.817, 81.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 17 - 640 / Label seq-ID: 17 - 640

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	General vesicular transport factor p115 / Protein USO1 homolog / Transcytosis-associated protein / TAP / Vesicle-docking protein 分子量: 72666.984 Da / 分子数: 2 断片: p115 Tether Globular Head Domain (UNP residues 1-651) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: p115, USO1, VDP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P41541
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

General vesicular transport factor p115 / Protein USO1 homolog / Transcytosis-associated protein / TAP / Vesicle-docking protein

分子量: 72666.984 Da / 分子数: 2
断片: p115 Tether Globular Head Domain (UNP residues 1-651)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: p115, USO1, VDP / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P41541

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 10% MPD, 18% PEG 4000, 0.1M Tris-HCL, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å
検出器	日付: 2005年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 91304 / % possible obs: 96.7 % / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.18→2.25 Å / R_merge(I) obs: 0.593 / R_sym value: 0.012 / % possible all: 76.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.18→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.183 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.786 / SU B: 17.515 / SU ML: 0.188 / SU R Cruickshank DPI: 0.265 / SU R_free: 0.225 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	8222	10 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.205	82014	87.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.69 Å² / B_iso mean: 31.352 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.76 Å²	0 Å²	-1.66 Å²
2-	-	-3.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9612	0	0	607	10219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	9852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.974	13351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.952	3	16315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.518	5	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.571	25.57	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.152	15	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.612	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.492	3	6161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.363	3	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.515	5	9987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.496	8	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.298	11	3364

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 8023 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
LOOSE POSITIONAL	0.38	5
LOOSE THERMAL	2.04	10

LS精密化シェル

解像度: 2.179→2.235 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	386	-
R_work	0.342	3284	-
all	-	3670	-
obs	-	-	53.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5415	0.0275	0.4281	0.1202	-0.6017	3.4315	-0.2073	0.1649	-0.1362	-0.1951	0.2628	0.08	0.7727	-1.1339	-0.0555	0.635	-0.017	-0.1426	0.7678	0.1103	0.7713	-45.7777	21.5072	-14.3489
2	2.6365	0.5894	-0.2766	3.5798	0.7911	3.5557	-0.016	0.1639	-0.0561	-0.0365	0.0087	0.4466	0.1104	-0.3908	0.0072	0.178	0.0857	0.0205	0.3333	0.0302	0.32	-36.6895	22.9542	-8.9542
3	4.2246	0.1203	-0.0212	2.744	0.3196	4.5768	-0.0261	0.1341	-0.2716	0.1701	0.0981	0.2686	0.3544	-0.4485	-0.072	0.1333	0.0681	0.0169	0.1497	0.0168	0.234	-26.7148	15.4864	-7.3235
4	4.7077	-1.1412	1.2028	2.6127	-0.4073	1.5762	-0.0351	0.0637	0.5299	0.1014	-0.0161	0.0558	-0.3023	-0.1506	0.0513	0.1239	0.0413	0.0366	0.0234	0.0199	0.0982	-15.3595	21.0864	-1.087
5	5.2909	-0.4617	-0.907	1.8381	0.7166	4.2152	-0.1255	-0.5399	0.4398	0.3405	-0.0482	0.0202	-0.2161	-0.023	0.1737	0.1748	0.0065	-0.0348	0.0624	-0.0504	0.0802	-3.7963	16.9944	14.7692
6	3.2884	-0.8095	0.8881	2.6137	-0.5831	2.286	-0.0624	-0.4716	0.0912	0.4732	-0.0336	-0.1624	-0.1634	-0.0679	0.096	0.1786	-0.0292	-0.0448	0.0783	-0.0021	0.0143	6.0577	0.8343	23.9745
7	2.639	-0.2123	0.3562	1.8543	0.5652	2.1133	0.0229	-0.396	-0.1053	0.4537	0.0504	-0.3533	0.1002	0.1054	-0.0733	0.1789	-0.0107	-0.1109	0.073	0.0191	0.0827	13.6222	-23.8181	22.8983
8	3.7891	-1.3037	-0.008	6.0085	0.6704	3.3938	0.1028	0.0682	-0.5747	-0.2973	-0.1519	-0.3923	0.3243	0.1307	0.0491	0.1167	0.0111	0.0089	0.0131	0.0116	0.1581	11.1021	-27.7174	6.7032
9	6.9895	-1.3176	-4.2709	6.0285	1.8625	6.757	0.0837	0.5287	0.0336	-0.1113	-0.1128	-0.3624	0.1697	-0.0367	0.0291	0.0942	0.0088	-0.0292	0.0641	0.02	0.0486	8.1733	-19.0908	6.8557
10	0.1918	-0.7246	-1.2167	2.9353	4.9147	8.2339	-0.0677	-0.0158	0.0026	0.0507	-0.0019	0.0418	0.0954	0.0401	0.0696	0.1633	0.0013	-0.0047	0.1309	0.0044	0.1391	30.1214	-31.0682	-5
11	4.3274	0.3043	1.6825	2.2112	1.141	1.2327	-0.6906	-0.9042	0.4132	0.7889	0.5594	0.2691	-0.0562	0.0339	0.1313	0.8411	0.088	0.1542	0.6951	0.0564	0.3518	-11.6191	-49.5117	52.3586
12	3.7697	0.4271	-0.7797	1.6864	0.1257	1.9428	0.0584	-0.0619	0.1557	0.0564	-0.0621	0.2252	0.0394	-0.17	0.0037	0.327	-0.0512	0.0837	0.2416	0.095	0.1515	-12.0734	-51.3125	42.0136
13	5.1544	1.3146	-0.4492	4.6953	2.2454	5.6098	0.0523	-0.1668	0.4506	0.0394	-0.1024	0.1087	-0.2196	0.022	0.0501	0.2445	-0.0953	0.0347	0.1811	0.0953	0.1553	-7.4315	-45.4438	32.7021
14	3.5857	1.4885	-0.2052	2.0192	-0.6359	1.8482	0.0163	0.0723	-0.3988	0.1081	-0.0583	0.103	0.1088	-0.0441	0.042	0.2578	-0.0884	-0.0042	0.1206	0.0553	0.1761	-9.6154	-52.9303	22.5488
15	4.6546	-0.0827	0.5313	2.3735	-0.7476	3.5919	0.1948	0.0338	-0.3263	0.0898	-0.1794	0.3623	0.1263	-0.3482	-0.0153	0.1352	-0.0612	-0.067	0.078	-0.0166	0.1459	-13.7554	-48.2018	4.5803
16	2.0598	-0.4051	-0.2049	2.513	-1.1418	3.3137	0.0885	0.2116	-0.2015	-0.3071	-0.0286	0.4545	0.1047	-0.3551	-0.0599	0.1384	0.0068	-0.1097	0.062	-0.0323	0.1238	-18.5613	-32.3961	-12.4387
17	2.0271	0.9349	0.6215	2.5351	0.4515	2.686	-0.1077	0.4373	0.133	-0.5041	0.0784	0.3154	-0.0104	-0.042	0.0293	0.1663	0.0097	-0.0634	0.1144	0.0158	0.0398	-11.0133	-8.8692	-20.6606
18	3.3865	3.1496	0.6326	5.7337	-1.7497	4.8995	0.152	0.4785	0.3028	-0.2106	-0.0085	-0.2639	-0.2664	0.7254	-0.1435	0.1746	0.0246	0.2186	0.1641	0.0708	0.2838	3.9357	-3.1156	-12.3821
19	7.648	1.2651	-1.027	7.6646	-0.7925	2.6849	0.2457	-0.1825	-0.3004	-0.1471	-0.2684	-0.1481	0.2467	0.3545	0.0227	0.0619	0.0366	-0.0169	0.0511	0.0059	0.0156	-2.7401	-16.5887	-5.9231
20	1.7606	-1.6475	1.9425	3.1372	1.2352	9.3686	0.341	0.1655	-0.0299	-0.3476	-0.0404	-0.1767	-0.1825	0.0184	-0.3006	0.3711	-0.0114	0.0368	0.3732	-0.0539	0.3996	21.3124	-5.2034	-21.6864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	132 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	210 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	273 - 413
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	414 - 531
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	532 - 598
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	599 - 633
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	634 - 640
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	17 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	37 - 79
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	80 - 130
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	131 - 183
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	184 - 270
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	271 - 413
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	414 - 531
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	532 - 591
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	592 - 630
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	631 - 642

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)