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万見
- PDB-3gpr: Crystal structure of rhodocetin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gpr
タイトルCrystal structure of rhodocetin
要素
  • Rhodocetin subunit alpha
  • Rhodocetin subunit beta
  • Rhodocetin subunit delta
  • Rhodocetin subunit gamma
キーワードCELL ADHESION / Rhodocetin / Disulfide bond / Lectin / Secreted / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cell wall in another organism / oligosaccharide binding / peptidoglycan binding / response to peptide hormone / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / signaling receptor activity / toxin activity / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec rhodocetin subunit gamma / Snaclec rhodocetin subunit delta / Snaclec rhodocetin subunit alpha / Snaclec rhodocetin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Stetefeld, J.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2009
タイトル: The alpha2beta1 integrin-specific antagonist rhodocetin is a cruciform, heterotetrameric molecule
著者: Eble, J.A. / Niland, S. / Bracht, T. / Mormann, M. / Peter-Katalinic, J. / Pohlentz, G. / Stetefeld, J.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodocetin subunit alpha
B: Rhodocetin subunit beta
C: Rhodocetin subunit gamma
D: Rhodocetin subunit delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5514
ポリマ－61,5514
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9120 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.546, 83.546, 196.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Rhodocetin subunit alpha


分子量: 15982.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: P81397
#2: タンパク質 Rhodocetin subunit beta


分子量: 15213.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: P81398
#3: タンパク質 Rhodocetin subunit gamma


分子量: 15616.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW39*PLUS
#4: タンパク質 Rhodocetin subunit delta


分子量: 14737.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 参照: UniProt: D2YW40*PLUS
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT RHODOCETIN WAS PURIFIED FROM THE CRUDE VENOM OF MALAYAN PIT VIPER ...THE AUTHOR STATES THAT RHODOCETIN WAS PURIFIED FROM THE CRUDE VENOM OF MALAYAN PIT VIPER (CALLOSELASMA RHODOSTOMA) WITH A NEW SO FAR UNKNOWN CHROMATOGRAPHY APPROACH AND THIS REVEALED THAT RHODOCETIN IS COMPOSED OF FOUR SUBUNITS WHICH ARE DIFFERENT. CHAINS C AND D BELONG TO RHODOCETIN AND ARE NEW.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 12% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.221 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.221 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.501
11-H-K, K, -L20.499
反射解像度: 3.18→33 Å / Num. obs: 11684
反射 シェル解像度: 3.18→3.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→29.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1698568.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED TWIN DETAILS NUMBER OF TWIN DOMAINS : 2 TWIN DOMAIN : 1 TWIN OPERATOR : H, K, L TWIN FRACTION : 0.501 TWIN DOMAIN : 2 TWIN OPERATOR : -H-K, K, -L TWIN FRACTION : 0.499
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1207 10.4 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 11635 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.3099 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 105.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.85 Å0.65 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1 Å0.92 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4295 0 0 0 4295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 223 11.6 %
Rwork0.291 1705 -
obs--99.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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