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- PDB-3gor: Crystal structure of putative metal-dependent hydrolase APC36150 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gor
タイトルCrystal structure of putative metal-dependent hydrolase APC36150
要素Putative metal-dependent hydrolase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / DinB Superfamily / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI
機能・相同性DNA damage-inducible protein DinB / DinB family / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / NICKEL (II) ION / Putative metal-dependent hydrolase
機能・相同性情報
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.511 Å
データ登録者Cooper, D.R. / Grelewska, K. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: The structure of DinB from Geobacillus stearothermophilus: a representative of a unique four-helix-bundle superfamily.
著者: Cooper, D.R. / Grelewska, K. / Kim, C.Y. / Joachimiak, A. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2009年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年5月19日ID: 3E4X
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative metal-dependent hydrolase
B: Putative metal-dependent hydrolase
C: Putative metal-dependent hydrolase
D: Putative metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7548
ポリマ－74,5204
非ポリマー2354
水1,04558
1
A: Putative metal-dependent hydrolase
B: Putative metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3774
ポリマ－37,2602
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Putative metal-dependent hydrolase
D: Putative metal-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3774
ポリマ－37,2602
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.477, 71.470, 123.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A AND (RESID 3:152)
21CHAIN B AND (RESID 3:152)
31CHAIN C AND (RESID 3:152)
41CHAIN D AND (RESID 3:152)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111AA3 - 1523 - 152
211BB3 - 1523 - 152
311CC3 - 1523 - 152
411DD3 - 1523 - 152

-
要素

#1: タンパク質
Putative metal-dependent hydrolase


分子量: 18629.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0VX25*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0 M Sodium acetate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 36943 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 3.112 / Net I/σ(I): 31.776
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.595.40.28916311.21278.1
2.59-2.695.90.27817271.30582.9
2.69-2.826.20.23318261.49487.7
2.82-2.966.50.21419801.52393.9
2.96-3.1570.18220691.70399.2
3.15-3.397.30.12521122.103100
3.39-3.737.30.09621072.765100
3.73-4.277.30.07521373.366100
4.27-5.387.20.06521554.498100
5.38-406.80.06722608.85299.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.511→35.623 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1887 5.11 %
Rwork0.186 --
obs0.189 36943 92.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.915 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 384.3 Å2 / Biso mean: 68.196 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.047 Å20 Å2-0 Å2
2--8.919 Å20 Å2
3----3.872 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.511→35.623 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5071 0 4 58 5133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9087014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9781888
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
13C1234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
14D1234X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.511-2.5790.3821130.2652036214971
2.579-2.6550.2891250.2542283240878
2.655-2.7410.3311300.242385251582
2.741-2.8390.3241550.2262460261586
2.839-2.9530.291410.2392693283492
2.953-3.0870.2981410.2132871301297
3.087-3.2490.2431560.2128893045100
3.249-3.4530.2511750.19228743049100
3.453-3.7190.2351560.18129023058100
3.719-4.0930.2061820.15828963078100
4.093-4.6840.2291480.14329133061100
4.684-5.8970.2031310.14729303061100
5.897-35.6230.1851340.16829243058100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.26650.39252.51031.8771.14151.4519-0.224-1.04530.17230.0366-0.15180.0701-0.2617-0.52280.22470.15390.1208-0.08610.477-0.161-0.04361.021867.430576.0942
23.63461.62971.2151.17540.39472.08330.2161-0.7039-1.0450.1103-0.0898-0.4118-0.04270.0722-0.08280.09770.0057-0.00540.36450.18090.30755.84546.524770.2372
35.23370.33281.0781.4696-0.3944-0.2096-0.12771.28680.5636-0.33870.16240.18980.0612-0.092-0.0030.1064-0.0378-0.01520.38580.13020.0923-7.261713.642739.1621
42.64610.52530.3311.4562-0.22570.3679-0.17720.50630.0248-0.16010.0778-0.0937-0.03270.33040.08180.2217-0.0103-0.01210.39050.04590.138514.459113.310545.1144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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