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万見
- PDB-3gn6: Crystal structure of CT0912, ORFan protein from Chlorobium tepidu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gn6
タイトルCrystal structure of CT0912, ORFan protein from Chlorobium tepidum with a ferredoxin-like domain repeat (NP_661805.1) from CHLOROBIUM TEPIDUM TLS at 1.80 A resolution
要素CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
キーワードstructural genomics / unknown function / NP_661805.1 / CT0912 / ORFan protein from Chlorobium tepidum with a ferredoxin-like domain repeat / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性: / : / ABM-like domain / CT0912-like, C-terminal domain / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of CT0912, ORFan protein from Chlorobium tepidum with a ferredoxin-like domain repeat (NP_661805.1) from CHLOROBIUM TEPIDUM TLS at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
B: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
C: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
D: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,73922
ポリマ－142,0834
非ポリマー1,65518
水18,8261045
1
A: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7545
ポリマ－35,5211
非ポリマー2334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8355
ポリマ－35,5211
非ポリマー3154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0067
ポリマ－35,5211
非ポリマー4856
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1445
ポリマ－35,5211
非ポリマー6234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
B: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,58910
ポリマ－71,0422
非ポリマー5478
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
6
C: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
D: CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,14912
ポリマ－71,0422
非ポリマー1,10810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.268, 210.205, 57.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A21 - 320
2114B21 - 320
3114C21 - 320
4114D21 - 320

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CT0912, ORFan protein with a ferredoxin-like domain repeat


分子量: 35520.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
遺伝子: CT0912, NP_661805.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8KDY2

-
非ポリマー , 5種, 1063分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1045 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2430M magnesium acetate, 13.6000% polyethylene glycol 3350, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月17日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.829 Å / Num. obs: 137561 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.421 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 9.63
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.860.7491.74664312728199.5
1.86-1.940.5172.45370814638199.6
1.94-2.030.3683.35079913827199.7
2.03-2.130.2524.74713312805199.8
2.13-2.270.1916.15274014355199.9
2.27-2.440.1484908613341199.9
2.44-2.690.10310.85177714039199.9
2.69-3.070.079144977113586199.9
3.07-3.870.04720.45133214050199.8
3.87-23.4210.04424.14992714192197.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→46.829 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.354 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.1
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.85 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. GLYCEROLS, PEG FRAGMENTS (PEG AND 2PE) ARE PRESENT IN CYRO/CRYSTALLIZATION CONDITIONS. THE ASSIGNMENTS OF PEG FRAGMENTS AND GLYCEROLS ARE TENTATIVE DUE TO NOT WELL DEFINED DENSITY. 5. DISORDERED REGIONS: A33-34, A149-152,B149-152 AND D149-152. 6. MAGNESIUM IONS ARE ASSIGNED BASED COORDINATION, CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND FLUORESCENCE SCAN WHICH INDICATES ABSENCE OF HEAVY METALS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 6913 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.164 137510 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.46 Å2 / Biso mean: 21.407 Å2 / Biso min: 4.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9207 0 100 1045 10352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0229854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.95813494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925316077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26451278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92422.597462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.062151487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0391591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.68736076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.79832425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.49959799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.18683778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.614113645
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3660 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.240.5
BMEDIUM POSITIONAL0.240.5
CMEDIUM POSITIONAL0.270.5
DMEDIUM POSITIONAL0.20.5
AMEDIUM THERMAL0.962
BMEDIUM THERMAL1.062
CMEDIUM THERMAL1.442
DMEDIUM THERMAL1.12
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 511 -
Rwork0.272 9530 -
all-10041 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09080.2304-0.0460.4631-0.06170.4220.06990.1944-0.2703-0.0498-0.0205-0.0094-0.00120.0217-0.04940.04560.0437-0.05660.0732-0.09160.122116.3826132.60487.4242
20.94910.0127-0.06740.4352-0.00360.36520.1140.1756-0.1614-0.068-0.0451-0.0541-0.04090.089-0.06890.05090.0298-0.020.103-0.07810.080544.7865141.62967.8291
30.85450.18030.08720.6097-0.11260.28850.0069-0.09070.1238-0.0434-0.0123-0.0550.0179-0.06270.00540.0475-0.02660.0570.0332-0.03650.088946.7216190.780231.4555
40.77780.04740.07450.47490.0690.44990.0438-0.03430.1382-0.1039-0.030.1133-0.0296-0.0783-0.01370.0585-0.01870.01920.0369-0.03350.087418.2308184.193925.8644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 320
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 320
3X-RAY DIFFRACTION3C20 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4D21 - 320

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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