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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gly | ||||||||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURES OF GLUCOAMYLASE FROM ASPERGILLUS AWAMORI VAR. X100 | ||||||||||||
![]() | GLUCOAMYLASE-471 | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() glucan 1,4-alpha-glucosidase / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / starch binding / fungal-type vacuole / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() | ||||||||||||
![]() | Aleshin, A.E. / Hoffman, C. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined crystal structures of glucoamylase from Aspergillus awamori var. X100. 著者: Aleshin, A.E. / Hoffman, C. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #1: ![]() タイトル: Refined Structure for the Complex of Acarbose with Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.4 Angstroms Resolution 著者: Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #2: ![]() タイトル: Refined Structure of the Complex of 1-Deoxynojirimycin with Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.4 Angstroms Resolution 著者: Harris, E.M.S. / Aleshin, A.E. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of Glucoamylase from Aspergillus Awamori Var. X100 to 2.2 Angstroms Resolution 著者: Aleshin, A.E. / Golubev, A. / Firsov, L.M. / Honzatko, R.B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLY 23 - ALA 24 OMEGA = 0.50 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO 46 / 3: CIS PROLINE - PRO 123 4: RESIDUES ASN 171 AND ASN 395 ARE SITES OF N-GLYCOSYLATION. 5: RESIDUES SER 443, SER 444, THR 452, SER 453, SER 455, THR 457, SER 459, SER 460, THR 462 AND THR 464 ARE SITES OF O-GLYCOSYLATION. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50450.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P22832, UniProt: P69327*PLUS, glucan 1,4-alpha-glucosidase | ||||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#4: 糖 | ChemComp-MAN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.95 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 35431 / Num. obs: 33871 / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 233315 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |