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- PDB-3gl2: Crystal structure of dicamba monooxygenase bound to dicamba -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gl2
タイトルCrystal structure of dicamba monooxygenase bound to dicamba
要素DdmC
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rieske protein / non-heme mononuclear iron / oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 還元型鉄-硫黄タンパク質を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / : / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanillate O-demethylase oxygenase-like, C-terminal catalytic domain / Vanillate O-demethylase oxygenase C-terminal domain / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. ...Vanillate O-demethylase oxygenase-like, C-terminal catalytic domain / Vanillate O-demethylase oxygenase C-terminal domain / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6-dichloro-2-methoxybenzoic acid / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Dicamba O-demethylase, oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wilson, M.A. / Dumitru, R. / Jiang, W.Z. / Weeks, D.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of dicamba monooxygenase: a Rieske nonheme oxygenase that catalyzes oxidative demethylation.
著者: Dumitru, R. / Jiang, W.Z. / Weeks, D.P. / Wilson, M.A.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DdmC
B: DdmC
C: DdmC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,00610
ポリマ－115,9253
非ポリマー1,0817
水8,161453
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area40870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.323, 81.323, 159.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 155 / Label seq-ID: 2 - 155

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

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要素

#1: タンパク質 DdmC / dicamba monooxygenase


分子量: 38641.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
株: DI-6 / 遺伝子: ddmC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5S3I3
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-D3M / 3,6-dichloro-2-methoxybenzoic acid / Dicamba / ジカンバ


分子量: 221.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6Cl2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 5% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月14日 / 詳細: Bent Rh coated conical Si mirror
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36 Å / Num. all: 68055 / Num. obs: 67158 / % possible obs: 98.41 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 6814 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GKE

3gke


解像度: 2.1→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 11.29 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24701 3338 5 %RANDOM
Rwork0.18974 ---
obs0.19262 67158 98.41 %-
all-68055 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.721 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.05 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7663 0 40 453 8156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1341.95910730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68312903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9695985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35823.573375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.114151219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7191567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.25807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.23764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.24297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0590.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2140.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2850.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0521.56342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6511.51989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42927915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.04733416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.224.52808
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1988 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.30.5
2Bmedium positional0.30.5
3Cmedium positional0.310.5
1Amedium thermal1.722
2Bmedium thermal1.642
3Cmedium thermal1.592
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 235 -
Rwork0.252 4718 -
obs--98.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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