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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gjh | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a DNA duplex containing 7,8-dihydropyridol[2,3-d]pyrimidin-2-one | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DNA duplex / bicyclic cytosine / 7 / 8-dihydropyridol[2 / 3-d]pyrimidin-2-one | 機能・相同性 | 6-AMIDINE-2-(4-AMIDINO-PHENYL)INDOLE / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Takenaka, A. / Juan, E.C.M. / Shimizu, S. / Haraguchi, T. / Xiao, M. / Kurose, T. | ![]() ![]() タイトル: Insights into the stabilizing contributions of bicyclic cytosine analogues: crystal structures of DNA duplexes containing 7,8-dihydropyridol[2,3-d]pyrimidin-2-one 著者: Takenaka, A. / Juan, E.C.M. / Shimizu, S. / Haraguchi, T. / Xiao, M. / Kurose, T. / Ohkubo, A. / Sekine, M. / Shibata, T. / Millington, C.L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 587.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 588.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3701.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-DAP / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20mM Sodium cacodylate (pH7.0), 6mM Spermine tetrahydrochloride, 40mM KCl, 0.2% CHAPSO, 0.30mM DAPI, 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 1708 / Num. obs: 1708 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 38.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D30 解像度: 2.9→10 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å
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