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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gir | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glycine cleavage system aminomethyltransferase T from Bartonella henselae | ||||||
![]() | Aminomethyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BARTONELLA HENSELAE / GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM / AMINOMETHYLTRANSFERASE / Aminotransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | ![]() aminomethyltransferase / glycine catabolic process / aminomethyltransferase activity / transaminase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of glycine cleavage system aminomethyltransferase T from Bartonella henselae 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1wsrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42890.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HUSTON-1 / 遺伝子: gcvT, BH12840 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6G2E9, UniProt: A0A0H3M6H9*PLUS, aminomethyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PROPLEX SCREEN, H4: 1.4M NA MALONATE, BAHEA.00657.A AT 44.8 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9765 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→69.01 Å / Num. all: 70368 / Num. obs: 70368 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 16.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 開始モデル: pdb entry 1wsr, modified with ccp4 program chainsaw 解像度: 1.6→69.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.401 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→69.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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