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- PDB-3gg6: Crystal structure of the NUDIX domain of human NUDT18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gg6
タイトルCrystal structure of the NUDIX domain of human NUDT18
要素Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 18
キーワードHYDROLASE / NUDIX / NUDT18 / NXR1 / NUCLEOTIDE HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / SGC STOCKHOLM / Alternative splicing / Magnesium / Manganese / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


8-hydroxy-dADP phosphatase activity / dADP catabolic process / GDP catabolic process / dGDP catabolic process / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDT18, NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...NUDT18, NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-oxo-dGDP phosphatase NUDT18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Siponen, M.I. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. ...Tresaugues, L. / Siponen, M.I. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the NUDIX domain of human NUDT18
著者: Tresaugues, L. / Siponen, M.I. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / ...著者: Tresaugues, L. / Siponen, M.I. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2009年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5011
ポリマ－17,5011
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.660, 60.130, 76.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 18 / Nudix motif 18


分子量: 17501.084 Da / 分子数: 1 / 断片: Nudix hydrolase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT18 / プラスミド: pNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: Q6ZVK8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: Tri-sodium citrate dihydrate 0.1M pH 5.5, PEG3000 20% w/v, 2mM 2 deoxyguanosine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98003
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 8985 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.88 % / Biso Wilson estimate: 15.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.22 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B0V

2b0v


解像度: 2.1→21.801 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 897 10.03 %
Rwork0.1636 --
obs0.1699 8945 99.93 %
all-8945 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.688 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→21.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1168 0 0 133 1301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0221197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8161631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.226454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.23150.24871450.16851304X-RAY DIFFRACTION100
2.2315-2.40350.24991450.15991311X-RAY DIFFRACTION100
2.4035-2.64510.23771480.16091330X-RAY DIFFRACTION100
2.6451-3.02690.21071480.15531326X-RAY DIFFRACTION100
3.0269-3.81030.23081510.14811352X-RAY DIFFRACTION100
3.8103-21.80240.18931600.17121425X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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