[日本語] English
万見
- PDB-3gft: Human K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gft
タイトルHuman K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue
要素GTPase KRas
キーワードSIGNALING PROTEIN / cancer / small gtpase / mutations / gtp analogue / Structural Genomics Consortium / SGC / Cardiomyopathy / Cell membrane / Deafness / Disease mutation / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Palmitate / Prenylation / Proto-oncogene
機能・相同性
機能・相同性情報


response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / homeostasis of number of cells within a tissue / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / liver development / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / female pregnancy / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human K-Ras in complex with a GTP analogue
著者: Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年3月10日ID: 2PMX
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.32015年1月28日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: GTPase KRas
C: GTPase KRas
D: GTPase KRas
E: GTPase KRas
F: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,36420
ポリマ－128,8936
非ポリマー3,47114
水2,558142
1
A: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0294
ポリマ－21,4821
非ポリマー5473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0293
ポリマ－21,4821
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0293
ポリマ－21,4821
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0293
ポリマ－21,4821
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0293
ポリマ－21,4821
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2214
ポリマ－21,4821
非ポリマー7393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.535, 118.275, 156.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 21482.164 Da / 分子数: 6 / 断片: Isoform 2, residues 1-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / プラスミド: pET28a-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P01116

-
非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS THE 2B ISOFORM OF UNIPROT ENTRY P01116, RESIDUES 1-169. AUTHORS ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS THE 2B ISOFORM OF UNIPROT ENTRY P01116, RESIDUES 1-169. AUTHORS CONFIRMED THE SEQUENCE AT POSITION 61 BY DNA SEQUENCING AND MASS SPECTROSCOPY.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Lithium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 69383 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Χ2: 1.737 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.176.20.94568121.446199.4
2.17-2.266.30.61368571.618199.7
2.26-2.366.30.72768381.545199.7
2.36-2.496.40.50468711.528199.8
2.49-2.646.50.37168861.571199.9
2.64-2.856.60.28569121.6341100
2.85-3.136.60.17569381.8141100
3.13-3.596.60.11269482.0561100
3.59-4.516.60.07370342.218199.8
4.51-206.40.05372871.87199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20 Å
Translation2.5 Å20 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AGP

1agp


解像度: 2.27→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.187 / SU B: 6.798 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Programs coot, molprobity have also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2589 4.698 %Thin resolution shells
Rwork0.213 ---
obs0.215 55104 99.583 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.928 Å20 Å20 Å2
2--1.459 Å20 Å2
3----0.531 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7566 0 212 142 7920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.98910989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.823313064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37351001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.22824.536377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.173151405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3931550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.99324873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.48322007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19737907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21923206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.39233065
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.27-2.32800.2753902395598.66
2.328-2.3910.3294210.2273450388399.691
2.391-2.45900.2383810381999.764
2.459-2.5340.2753800.2173312369799.865
2.534-2.61600.223545355499.747
2.616-2.7060.2753210.2213132345699.913
2.706-2.80600.233367337799.704
2.806-2.9180.2932650.2132970324199.815
2.918-3.0450.2782400.2092865311199.807
3.045-3.1900.2172978298199.899
3.19-3.3580.2932080.2132619283899.612
3.358-3.55500.2132676270299.038
3.555-3.7920.3211580.2172353253998.897
3.792-4.0840.2011380.1872244240099.25
4.084-4.4550.1971390.1652065221099.729
4.455-4.950.188960.1731936203499.902
4.95-5.6580.305660.2041734180599.723
5.658-6.7950.339620.2441512157899.747
6.795-9.0990.281400.221243128499.922
9.099-200.243550.26380287198.393

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る