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万見
- PDB-3gf9: Crystal structure of human Intersectin 2 RhoGEF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gf9
タイトルCrystal structure of human Intersectin 2 RhoGEF domain
要素Intersectin 2
キーワードENDOCYTOSIS / Structural genomics consortium / guanine nucleotide exchange factor / SGC / SH3 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of dendrite extension / endosomal transport / intracellular vesicle / RHOU GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of dendrite extension / endosomal transport / intracellular vesicle / RHOU GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / molecular adaptor activity / cell differentiation / calcium ion binding / centrosome / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intersectin-2, first SH3 domain / Intersectin-2, second SH3 domain / Intersectin-2, third SH3 domain / Intersectin-2, fourth SH3 domain / Intersectin-2, fifth SH3 domain / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain ...Intersectin-2, first SH3 domain / Intersectin-2, second SH3 domain / Intersectin-2, third SH3 domain / Intersectin-2, fourth SH3 domain / Intersectin-2, fifth SH3 domain / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Intersectin 2 / Intersectin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shen, Y. / Tong, Y. / Tempel, W. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human Intersectin 2 RhoGEF domain
著者: Shen, Y. / Tong, Y. / Tempel, W. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32017年11月15日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: phasing / refine / Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intersectin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0206
ポリマ－34,0201
非ポリマー05
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.249, 29.616, 86.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Intersectin 2


分子量: 34019.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN2 / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-V2R pRARE2 / 参照: UniProt: A6H8W8, UniProt: Q9NZM3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG-3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 1:100 papain protease was added, SDS-PAGE indicated that the crystallized protein had a molecular weight of 23kDa, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 25% PEG-3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 1:100 papain protease was added, SDS-PAGE indicated that the crystallized protein had a molecular weight of 23kDa, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8098 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.581 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.592.40.6217072.40387.7
2.59-2.692.50.5097822.03193.1
2.69-2.822.80.3747631.84395.9
2.82-2.9630.2688251.47198.4
2.96-3.153.30.1918001.47799.1
3.15-3.393.40.1258321.39999.8
3.39-3.733.40.0798391.42999.5
3.73-4.273.40.0598201.42699.4
4.27-5.383.20.0488421.44599.5
5.38-503.20.0358881.52999.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KI1

1ki1


解像度: 2.5→36.899 Å / FOM work R set: 0.787 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 376 4.68 %
Rwork0.221 --
obs0.224 8032 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.037 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.46 Å2 / Biso mean: 57.13 Å2 / Biso min: 31.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.36 Å2-0 Å2-0.64 Å2
2---14.453 Å20 Å2
3----15.529 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1409 0 5 0 1414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1371927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.748528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.590.3371020.3012395249792
2.862-3.6050.2941260.2312599272599
3.605-36.9030.2451480.1862662281099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.8023 Å / Origin y: -14.7974 Å / Origin z: 6.6302 Å
111213212223313233
T0.4104 Å20.0148 Å2-0.0519 Å2-0.4491 Å2-0.0545 Å2--0.483 Å2
L1.5088 °20.001 °2-0.5923 °2-3.2765 °2-0.9155 °2--1.7621 °2
S-0.0699 Å °-0.1901 Å °0.0173 Å °0.4552 Å °0.0412 Å °-0.3561 Å °-0.2216 Å °0.3365 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection: chain A / Selection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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