PDB-3gf5: Crystal structure of the P21 R1-R7 N-terminal domain of murine MVP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gf5

タイトル

Crystal structure of the P21 R1-R7 N-terminal domain of murine MVP

要素

Major vault protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / beta sheets / Phosphoprotein / Ribonucleoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / protein phosphatase binding / cell population proliferation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Querol-Audi, J. / Casanas, A. / Luque, D. / Caston, J.R. / Fita, I. / Verdaguer, N.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: The mechanism of vault opening from the high resolution structure of the N-terminal repeats of MVP
著者: Querol-Audi, J. / Casanas, A. / Uson, I. / Luque, D. / Caston, J.R. / Fita, I. / Verdaguer, N.

履歴

登録	2009年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gf5.cif.gz	158.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gf5.ent.gz	125.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gf5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gf5_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gf5_full_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示
XML形式データ	3gf5_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	3gf5_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/3gf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/3gf5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gnfC 3gngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gnf-d 3gng-d 6ek4-3 6fia-2 5c22-3 3f83-d 3f85-d 6cv7-d 6e8f-1 2w82-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (16) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (16)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
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クラスリン (Clathrin)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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プロテアソーム (Proteasome)
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ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Major vault protein

B: Major vault protein

ヘテロ分子

88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major vault protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Major vault protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.523, 98.892, 140.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Major vault protein / MVP 分子量: 43735.777 Da / 分子数: 2 / 断片: R1-R7 domain, UNP residues 1-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MVP / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9EQK5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% PEG 5000, 0.1M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.979,0.976

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.976	1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 34051 / Num. obs: 33339 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / % possible all: 81.84

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU B: 23.109 / SU ML: 0.239 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.546 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26691	1677	5 %	RANDOM
R_work	0.23155	-	-	-
obs	0.2333	31662	96.9 %	-
all	-	34051	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6008	0	42	45	6095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	6173
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4239
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.912	1.977	8380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.706	3	10335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.687	5	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.682	24.141	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.617	15	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.468	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	6806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.076	0.2	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.173	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.193	1.5	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.026	1.5	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.24	2	6151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.392	3	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.58	4.5	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.432	106	-
R_work	0.415	1985	-
obs	-	-	81.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6006	0.9547	-0.8436	4.5868	2.5129	9.7744	0.1963	-0.4596	0.0241	0.3517	-0.0205	-0.0615	-0.083	0.0512	-0.1757	-0.0947	-0.015	0.0112	-0.284	-0.0247	-0.0984	6.373	17.9736	97.9754
2	1.5578	-0.2705	1.6568	2.4573	1.3802	7.1579	-0.0981	0.1057	-0.0014	0.0328	0.0701	-0.3367	-0.2427	0.3877	0.028	-0.1674	0.0624	0.0223	-0.138	-0.0523	0.0329	8.3205	11.1571	79.9593
3	10.1234	-0.6246	1.9962	2.4589	-2.1725	10.3823	-0.0134	-0.3363	0.1936	-0.1949	-0.264	-0.4951	-0.1642	0.849	0.2774	-0.137	0.116	0.0041	0.0817	-0.085	-0.0532	7.6125	9.0092	58.9465
4	5.036	-1.6043	3.2089	0.6185	-0.0222	11.3532	-0.1225	-0.1212	0.4027	0.0011	0.139	-0.0813	0.3158	0.4217	-0.0164	-0.0778	0.0855	0.0136	-0.1422	0.0422	-0.028	-0.3318	10.2886	37.567
5	7.3638	-0.0048	4.3165	2.5148	-0.6598	9.502	0.0039	-0.1174	-0.5609	-0.0894	0.0709	-0.0471	0.5536	0.2963	-0.0749	0.0299	0.0735	0.0944	-0.252	0.0077	-0.048	-4.5255	10.5608	17.4236
6	4.7692	1.7678	1.8934	4.6991	-2.1678	13.8498	0.4512	-0.1332	-0.3861	-0.8412	-0.1294	-0.1679	0.5726	0.5466	-0.3217	0.2822	0.1636	0.0716	-0.1669	-0.0041	-0.0309	-10.2611	13.3684	-2.5837
7	9.8105	-0.6193	-2.8272	7.6544	-0.4379	14.2737	-0.3886	0.3172	-0.5405	-0.0587	0.329	0.1865	1.114	-0.1161	0.0596	0.3873	0.033	-0.0494	-0.0774	-0.0048	-0.1023	-14.2948	14.1869	-22.1679
8	3.0638	0.8121	0.1437	3.1606	-2.6614	10.1427	0.137	-0.2547	-0.163	0.5571	0.0364	0.1831	-0.0769	-0.0658	-0.1734	-0.1982	0.0141	0.0386	-0.106	-0.0113	-0.1208	-3.7122	-19.2758	122.7555
9	5.0888	0.8873	-5.2112	0.8051	-1.989	13.5214	0.1414	0.3971	0.4822	0.3026	0.0957	0.2666	-0.6777	-0.9108	-0.2371	-0.2851	0.0691	0.0174	-0.0323	0.0223	-0.0481	-4.4197	-11.6164	104.9966
10	12.526	-3.17	-2.6855	3.2561	0.6472	5.7626	0.132	-0.4442	0.1194	-0.112	-0.0469	0.3278	-0.1525	-0.6826	-0.0851	-0.4193	0.0631	-0.0373	0.0754	0.0395	-0.1645	-3.4951	-9.1946	84.2262
11	3.6683	-2.9388	-1.6261	2.3626	1.6016	11.4397	-0.1321	-0.3542	-0.1131	-0.0684	0.0208	0.0023	-0.2637	-0.3571	0.1112	-0.2774	0.0156	-0.0474	-0.0393	-0.0419	-0.1067	3.7352	-10.1988	62.4812
12	5.0492	-3.1577	-3.2076	4.293	1.986	10.4831	0.0145	-0.2467	0.2668	-0.267	0.1835	-0.0361	-0.3176	-0.1641	-0.198	-0.1767	-0.0108	-0.0436	-0.2724	0.0048	-0.1787	7.5554	-10.5098	42.2997
13	7.3266	0.1613	-4.1971	2.6061	2.4633	12.0306	0.2104	0.327	0.5313	-0.565	0.0169	0.1547	-0.177	-0.3825	-0.2273	0.2964	-0.0211	-0.0717	-0.2607	0.0503	-0.1087	12.6461	-14.097	22.1249
14	11.1107	0.0092	3.7178	5.3962	0.1522	15.3448	-0.1049	0.5524	0.5264	0.2205	-0.0551	-0.2885	-1.2224	-0.2089	0.16	0.3689	-0.032	0.1145	-0.1031	0.0373	-0.1659	16.3199	-15.2638	2.6246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	118 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	164 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	222 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	279 - 326
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	328 - 380
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 53
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	56 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	118 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	164 - 221
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	222 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	279 - 326
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	328 - 380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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