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- PDB-3gey: Crystal structure of human poly(ADP-ribose) polymerase 15, cataly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gey
タイトルCrystal structure of human poly(ADP-ribose) polymerase 15, catalytic fragment in complex with an inhibitor Pj34
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 15
キーワードTRANSFERASE / PARP / POLY(ADP-RIBOSE) POLYMERASE / BAL-3 / SGC / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / Glycosyltransferase / NAD / Nucleus / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. ...: / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P34 / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Karlberg, T. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Karlberg, T. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Schuler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Lack of ADP-ribosyltransferase Activity in Poly(ADP-ribose) Polymerase-13/Zinc Finger Antiviral Protein.
著者: Karlberg, T. / Klepsch, M. / Thorsell, A.G. / Andersson, C.D. / Linusson, A. / Schuler, H.
履歴
登録2009年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32015年4月22日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3496
ポリマ－101,7584
非ポリマー5912
水48627
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1743
ポリマ－50,8792
非ポリマー2951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1743
ポリマ－50,8792
非ポリマー2951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.080, 137.630, 68.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Poly [ADP-ribose] polymerase 15 / PARP-15 / B-aggressive lymphoma protein 3


分子量: 25439.459 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain: Residues 459-656 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAL3, PARP15 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q460N3, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-P34 / N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE / PJ-34


分子量: 295.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG 3350, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日
詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair for horizontal and vertical focusing
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 42012 / Num. obs: 42012 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BLJ

3blj


解像度: 2.2→24.193 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 38.48 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 2016 4.83 %
Rwork0.2118 --
obs0.2118 41728 99.4 %
all-41728 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.866 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6224 0 44 27 6295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8098734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.552305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.23790.3325980.28321950X-RAY DIFFRACTION98
2.2379-2.27860.31481030.2812000X-RAY DIFFRACTION98
2.2786-2.32240.3577980.26851960X-RAY DIFFRACTION98
2.3224-2.36970.30671010.27961988X-RAY DIFFRACTION98
2.3697-2.42120.3763970.28891964X-RAY DIFFRACTION98
2.4212-2.47750.32461040.27541996X-RAY DIFFRACTION98
2.4775-2.53940.3036950.28071967X-RAY DIFFRACTION98
2.5394-2.6080.27081020.27491976X-RAY DIFFRACTION98
2.608-2.68460.33611020.25871980X-RAY DIFFRACTION98
2.6846-2.77110.29411010.2581960X-RAY DIFFRACTION98
2.7711-2.870.32721020.25471984X-RAY DIFFRACTION98
2.87-2.98470.3863980.25322006X-RAY DIFFRACTION98
2.9847-3.12030.27980.23361996X-RAY DIFFRACTION98
3.1203-3.28440.30711010.21391987X-RAY DIFFRACTION98
3.2844-3.48970.23791020.18932010X-RAY DIFFRACTION98
3.4897-3.75820.26331020.16951982X-RAY DIFFRACTION98
3.7582-4.13470.2101980.15881993X-RAY DIFFRACTION98
4.1347-4.72910.17211000.13281985X-RAY DIFFRACTION98
4.7291-5.94360.216960.17322014X-RAY DIFFRACTION98
5.9436-24.19460.2563980.18842034X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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