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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ge9 | ||||||
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タイトル | A Structurally Atypical ThyX from Corynebacterium glutamicum NCHU 87078 Is Not Required for Thymidylate Biosynthesis | ||||||
![]() | Thymidylate synthase thyX | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Apo form / THYX / THYMIDYLATE SYNTHASE / METHYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / FAD / Flavoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, W.-C. / Liu, J.-S. / Chang, C.-M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Structurally Atypical ThyX from Corynebacterium glutamicum NCHU 87078 Is Not Required for Thymidylate Biosynthesis 著者: Wang, W.-C. / Liu, J.-S. / Chang, C.-M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28790.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 87078 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→27.5 Å / Num. all: 9724 / Num. obs: 9629 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3878 / Mean I/σ(I) obs: 28.7 / Num. unique all: 9159 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.848 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→27.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.605→2.673 Å / Total num. of bins used: 20
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