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- PDB-3gdo: Crystal structure of putative oxidoreductase yvaA from Bacillus s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gdo
タイトルCrystal structure of putative oxidoreductase yvaA from Bacillus subtilis
要素Uncharacterized oxidoreductase yvaA
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / Putative oxidoreductase yvaA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


scyllo-inositol 2-dehydrogenase (NADP+) / scyllo-inositol dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ binding / antibiotic biosynthetic process / NADPH binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
scyllo-inositol 2-dehydrogenase (NADP(+)) IolW
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of putative oxidoreductase yvaA from Bacillus subtilis.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
B: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4242
ポリマ－80,4242
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.324, 151.309, 56.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量: 40212.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 12-358 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU33530, yvaA / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32223
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 49833 / Num. obs: 49833 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.078 / Χ2: 1.311 / Net I/σ(I): 22.131
反射 シェル解像度: 2.03→2.11 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4348 / Rsym value: 0.362 / Χ2: 0.862 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
PHENIX位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.259 / WRfactor Rwork: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.81 / SU B: 4.835 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU Rfree: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2533 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 49797 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.11 Å2 / Biso mean: 40.285 Å2 / Biso min: 20.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.87 Å20 Å2-2.02 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5285 0 0 124 5409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.9697387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1965689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25924.435248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01115965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.281533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214099
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9091.53380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6325469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49932068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.034.51911
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 164 -
Rwork0.281 3016 -
all-3180 -
obs--85.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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