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- PDB-3gd1: Structure of an Arrestin/Clathrin complex reveals a novel clathri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gd1
タイトルStructure of an Arrestin/Clathrin complex reveals a novel clathrin binding domain that modulates receptor trafficking
要素
  • Beta-arrestin-1
  • Clathrin heavy chain 1
  • clathrin
キーワードENDOCYTOSIS / clathrin / arrestin / receptor trafficking / Alternative splicing / Phosphoprotein / Sensory transduction / Acetylation / Coated pit / Cytoplasmic vesicle / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex binding / VLDLR internalisation and degradation / clathrin heavy chain binding / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat disassembly / clathrin coat assembly / inositol hexakisphosphate binding / clathrin-coated endocytic vesicle / membrane coat / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / acetylcholine receptor binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (s) signalling events / clathrin binding / negative regulation of Notch signaling pathway / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / small molecule binding / visual perception / receptor-mediated endocytosis / G protein-coupled receptor binding / intracellular protein transport / receptor internalization / autophagy / spindle / disordered domain specific binding / melanosome / protein transport / mitotic cell cycle / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / cell division / structural molecule activity / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #840 / Clathrin heavy-chain terminal domain / Immunoglobulin-like - #640 / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link ...Immunoglobulin-like - #840 / Clathrin heavy-chain terminal domain / Immunoglobulin-like - #640 / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Region in Clathrin and VPS / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-arrestin-1 / Clathrin heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kang, D.S. / Kern, R.C. / Puthenveedu, M.A. / von Zastrow, M. / Williams, J.C. / Benovic, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure of an arrestin2-clathrin complex reveals a novel clathrin binding domain that modulates receptor trafficking
著者: Kang, D.S. / Kern, R.C. / Puthenveedu, M.A. / von Zastrow, M. / Williams, J.C. / Benovic, J.L.
履歴
登録2009年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Beta-arrestin-1
E: Beta-arrestin-1
I: Clathrin heavy chain 1
Z: clathrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9034
ポリマ－129,9034
非ポリマー00
水00
1
C: Beta-arrestin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3101
ポリマ－44,3101
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Beta-arrestin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3101
ポリマ－44,3101
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Clathrin heavy chain 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3961
ポリマ－40,3961
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
Z: clathrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8881
ポリマ－8881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.960, 61.198, 159.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1 / Arrestin-2


分子量: 44309.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P17870
#2: 抗体 Clathrin heavy chain 1


分子量: 40396.340 Da / 分子数: 1 / Fragment: WD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CLTC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P49951
#3: タンパク質・ペプチド clathrin


分子量: 887.975 Da / 分子数: 1 / Fragment: WD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.27 %
結晶化温度: 293 K / pH: 9
詳細: 100mM Bicine, 7% O-(2-aminopropyl)-O'-(2-methoxyethyl)polypropylene glycol 500, 6% polyethylene glycol 8000, 4% acetone, 1% ethylene glycol and 10 mM strontium chloride, pH 9.0, VAPOR ...詳細: 100mM Bicine, 7% O-(2-aminopropyl)-O'-(2-methoxyethyl)polypropylene glycol 500, 6% polyethylene glycol 8000, 4% acetone, 1% ethylene glycol and 10 mM strontium chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9833, 0.9795, 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98331
20.97951
30.97911
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 25549 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.5→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.254 1242 RANDOM
Rwork0.214 --
obs0.214 23540 -
all-24782 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.189 Å20 Å218.106 Å2
2---11.42 Å20 Å2
3---7.231 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7854 0 0 0 7854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0152.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cis_peptide.parammse_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION3mse_xplor.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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