PDB-3gcc: SOLUTION STRUCTURE OF THE GCC-BOX BINDING DOMAIN, NMR, 46 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gcc

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE GCC-BOX BINDING DOMAIN, NMR, 46 STRUCTURES

要素

ATERF1

キーワード

TRANSCRIPTION FACTOR / ETHLENE INDUCIBLE

機能・相同性

機能・相同性情報

phloem or xylem histogenesis / ethylene-activated signaling pathway / response to nematode / defense response / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN X-PLOR 3.1 WAS CARRIED OUT TO OBTAIN 46 STRUCTURES.

データ登録者

Allen, M.D. / Yamasaki, K. / Ohme-Takagi, M. / Tateno, M. / Suzuki, M.

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: A novel mode of DNA recognition by a beta-sheet revealed by the solution structure of the GCC-box binding domain in complex with DNA.
著者: Allen, M.D. / Yamasaki, K. / Ohme-Takagi, M. / Tateno, M. / Suzuki, M.

履歴

登録	1998年3月13日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月25日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gcc.cif.gz	905.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gcc.ent.gz	759.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gcc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gccC 2gccC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2n37-d 4wb3-2 1cir-d 2ckx-d 4wb2-2 2ait-d 3ait-d 1kdu-d 1jww-d 4p3a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATERF1

7.89 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	46 / 46	NO NOE VIOLATIONS
代表モデル

#1: タンパク質	ATERF1 分子量: 7891.974 Da / 分子数: 1 / 断片: GCC-BOX BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: DNA-BINDING DOMAIN OF ATERF1 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: ATERF1 / プラスミド: PAF104 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O80337

#1: タンパク質

ATERF1

分子量: 7891.974 Da / 分子数: 1 / 断片: GCC-BOX BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
解説: DNA-BINDING DOMAIN OF ATERF1 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: ATERF1 / プラスミド: PAF104 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O80337

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	1H-15N HSQC
1	5	1	3D 1H-15N NOESY-HMQC
1	6	1	3D 1H-15N TOCSY-HMQC
1	7	1	13C
1	8	1	15N-FILTERED NOESY

NMR実験の詳細

Text: SIGNALS DUE TO PROTEINS WERE OBTAINED BY NOESY, TOCSY, DQF-COSY FOR UNLABELED SAMPLE AND 1H-15N HSQC, 3D 1H-15N NOESY-HMQC AND 3D 1H-15N TOCSY-HMQC FOR THE SAMPLE WITH 15N-LABELED PROTEIN.

-
試料調製

詳細	内容: POTASIUM PHOSPHATE
試料状態	イオン強度: 90 mM / pH: 6 / 圧: 1 ATMOSPHERE / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX750	Bruker	DMX750	750	1
Bruker DMX500	Bruker	DMX500	500	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1		構造決定

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN X-PLOR 3.1 WAS CARRIED OUT TO OBTAIN 46 STRUCTURES.
ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE REMARK 210

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS / 計算したコンフォーマーの数: 46 / 登録したコンフォーマーの数: 46

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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