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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gc4 | ||||||
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タイトル | tRNA-guanine transglycosylase in complex with inhibitor | ||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / drug design / TIM Barrel / tRNA modification / Glycosyltransferase / Metal-binding / Queuosine biosynthesis / tRNA processing | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ritschel, T. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: How to Replace the Residual Solvation Shell of Polar Active Site Residues to Achieve Nanomolar Inhibition of tRNA-Guanine Transglycosylase 著者: Ritschel, T. / Kohler, P.C. / Neudert, G. / Heine, A. / Diederich, F. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 789.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 795.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-AAQ / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | 312TH RESIDUE IS LYS ACCORDING TO REUTER K.K.H. ET AL [J. BACTERIOL. 177:5284-5288(1995)] AND AHN J. ...312TH RESIDUE IS LYS ACCORDING TO REUTER K.K.H. ET AL [J. BACTERIOL. 177:5284-5288(1995)] AND AHN J.Y. ET AL [SUBMITTED (OCT-2000) TO THE EMBL/GENBANK/DDBJ DATABASES] | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100mM TRIS HCl, 1mM DTT, 10% DMSO, 5% PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月9日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Yale Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 36099 / Num. obs: 36099 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 65.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO 開始モデル: PDB ENTRY 1P0E 解像度: 1.8→10 Å / Num. parameters: 12094 / Num. restraintsaints: 11663 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 2659 / Occupancy sum non hydrogen: 2979 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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